وقتى هارون ( كه در آن زمان در رقّه بود ) خبرهايى دربارهء اوضاع نسبتا راحت [ امام ] كاظم دريافت كرد ، با عصبانيت نامهاى براى فضل نوشت و دستور داد كه [ امام ] كاظم را بكشد . يك روايت حاكى از آن است كه فضل از انجام اين كار خوددارى ورزيد و يكصد ضربه شلاق خورد ، و [ امام ] كاظم به رئيس نظميه ، يعنى سندى بن شاهك ( پدر بزرگ كشاجم شاعر ) تحويل شد . پدر فضل يعنى يحيى بن خالد با عجله به رقّه رفت و در تلاش براى فرونشاندن خشم خليفه و راضى ساختن او ، قول داد كه مطابق خواست خليفه عمل كند . هارون الرشيد دستور قتل [ امام ] كاظم را تكرار كرد ؛ يحيى به بغداد بازگشت و پيغام [ خليفه ] را به سندى داد ، و او نيز با دادن رطب مسموم به [ امام ] كاظم ، او را به قتل رساند .
روايتى ديگر ، فضل را شخصى توصيف كرده است كه [ امام ] كاظم را مسموم ساخت . طبق گزارش سوم ، [ امام ] كاظم را درون فرشى پيچيده ، آن قدر لگدكوب كردند تا وفات يافت . در نهايت ، بايد خاطرنشان ساخت كه طبرى در جلد سوم كتابش ( ص 649 ) وفات [ امام ] كاظم را بدون هيچ توصيفى ذكر مىكند و تلويحا بيان مىدارد كه او به علل طبيعى درگذشت . در واقع اين نظر اكثر نويسندگان سنى است ، و برخى از دانشمندان معاصر نيز آن را پذيرفتهاند ( مثلا ، ف . عمر در مقالهء هارون الرشيد [ در دائرة المعارف اسلام ] و
A . Clot , Haroun al - Rachid et le ( temps de Mille et Une Nuits , Paris 1986 , 91 .
. تاريخهايى كه معمولا براى وفات امام ذكر كردهاند عبارتاند از : 6 ، 24 يا 25 رجب سال 183 ق / 13 يا 31 آگوست يا سپتامبر 799 م . تاريخهاى ديگر عبارتاند از : 181 ق / 797 - 798 م ، رجب 182 ق / آگوست - سپتامبر 798 م ، رجب 184 ق / جولاى - آگوست 800 م ، 186 ق / 804 م ، و 188 ق / 804 م . او در زندان ( يا مسجدى ) نزديك دروازهء كوفه معروف به مسيّب ( برگرفته از نام مسيّب بن زهير ) درگذشت .
نحوهء وفات [ امام ] كاظم آنگونه كه در منابع اثنا عشرى توصيف گشته ،