[ امام ] باقر پس از وفات پدرش زين العابدين [ عليه السّلام ] به مقام امامت رسيد ( در سال 94 ق / 712 - 713 م ، يا 95 ق / 713 - 714 م ) . او همانند پدرش ، سياست سكوت را ادامه داد ، و از حمايت قيامهايى كه عليه امويان صورت مىگرفت خوددارى ورزيد . بههرحال روابط او با انقلابيون ناآرام و پرتنش بود . نقل است كه نافع ، يكى از موالى عمر بن خطاب ، به دستور هشام بن عبد الملك [ امام ] باقر را به مباحثه دعوت كرد ، و در اين مباحثه ، امام بر نافع غلبه يافت . اگر اين داستان صحت داشته باشد ، نمىتوان گفت كه اين موفقيت او را نزد خليفه محبوب ساخته است ( كلينى ، كافى ، ج 8 ، ص 120 - 122 ) . هشام چندين بار ، [ امام ] باقر را به دمشق فراخواند و حداقل يك بار او را زندانى كرد و پس از مدتى به مدينه باز گرداند و به محافظان دستور داد كه در طول راه به او آب و غذا ندهند . بر خلاف او ، عمر بن عبد العزيز دربارهء [ امام ] باقر نظر موافقى داشت و پس از ملاقات با او در مدينه ، واحهء فدك را به علويان بازگرداند . در يكى از اقوالى كه ظاهرا محافل ضد علوى رواج دادهاند و ابن سعد آن را ثبت و ضبط كرده ( طبقات ، ج 5 ، ص 333 ؛ قس .
( Crone and Hinds , God's caliph , Cambridge , 1986 , 36
[ امام ] باقر ، عمر بن عبد العزيز را همان مهدى [ موعود ] مىدانست . بنابر يكى از متون اماميه ، [ امام ] باقر پيشگويى كرد كه عمر خليفه خواهد شد ؛ براى گسترش عدالت خواهد كوشيد و هنگام مرگش مورد احترام مردم خواهد بود ؛ [ و ] پس از مرگ عمر ، اهل زمين بر او خواهند گريست ( زيرا او حاكمى شايسته بود ) ، درحالىكه اهل آسمان او را لعن خواهند كرد ( چرا كه وى بهرغم همهء اينها ، يكى از امويان غاصب بود ) . گويند [ امام ] باقر ، يكى از پسران عبد الملك را به نام سعد ( يا سعيد ) الخير به طرزى خاص تعريف و تمجيد مىكرد . او سعد را يكى از امويان توصيف كرد كه متعلق به خاندان پيامبر است ( اموى منّا اهل البيت ) . اين متن حاوى دو نامه است كه ادعا مىكنند [ امام ] باقر براى سعد فرستاده است ( كلينى ، كافى ، ج 8 ،