در سال 40 هجرى در سن شصت و سه سالگى وفات يافت . وى در روز جمعه بيست و يكم ماه رمضان ضربت خورد و در روز يكشنبه رحلت يافت و در كوفه به خاك سپرده شد .
مدت خلافت آن حضرت ، پنج سال و چهار ماه يا سه ماه كمتر بود . زيرا چنان كه گفته شد ، مردم در بيست و پنجم ذى الحجهء سال 35 ه با وى دست بيعت دادند . حاكم در مستدرك از عبد الرحمن بن ابو ليلى روايت كرده است : « مدت خلافت آن حضرت ، پنج سال به جز سه ماه بود » . سپس از ابو بكر بن ابى شيبه نقل كرده است كه گفت : على بن أبي طالب ( ع ) پنج سال خلافت كرد . گويا اين روايت مبنى بر تسامح است .
خبر دادن على ( ع ) از كشته شدنش
ابن اثير در كامل گويد : « در روايتى بدون آنكه وجهى بر آن شناخته شود گفته شده است كه على ( ع ) مىگفت : چه چيزى تيرهروزترين شما را جلوگيرى مىكند تا اين را از خون اين رنگين كند ؟ يعنى ريشش را از خون سرش . حسن بن كثير از پدرش نقل مىكند : على در ساعتى از سپيده بيرون شد . مرغابيها به او روى آوردند اما آنها را از راه على ( ع ) بازپس زدند . آن حضرت فرمود : آنان را واگذاريد كه نوحهگرانند . پس ابن ملجم او را در همان شب مضروب ساخت . حسن بن على ( ع ) روزى كه پدرش ضربت خورد فرمود : شب گذشته بيرون آمدم و پدرم در مسجد خانهاش نماز مىگزارد . پس به من گفت : اى پسرم من ديشب اهل خانه را بيدار كردم . زيرا شب جمعه بود . پس چشمانم به خواب رفت و رسول خدا ( ص ) را در خواب ديدم . گفتم : اى رسول خدا ( ص ) چه كژيها و دشمنيهايى كه از امت تو ديدم ؟ آن حضرت ( ص ) به من فرمود : بر ايشان نفرين كن . من نيز گفتم : خدايا ! به من امتى بهتر از اينان بده و به ايشان كسى را بدتر از من بگمار . پس ابن نباح بيامد و آن حضرت را براى نماز آگاه كرد . على ( ع ) بيرون شد و من در پى او روان شدم و ابن ملجم بر او ضربت زد .
در تذكرة الخواص از شعبى روايت شده است كه على ( ع ) چندى قبل از مضروب شدنش اين اشعار را مىخواند :
اين قريشند كه در آرزوى كشتن منند . پس به خدايت سوگند كه نه رستگار مىشوند و نه پيروز .
پس اگر بر جاى بمانم ذمّهء من بر گردن آنان است آن هم به سختى و مشقتى كه اثر آن پنهان نمىماند .
و به زودى نبود من به خاطر ترس ايشان ، خوارى در زندگى را به آنان نصيب مىكند چرا كه خيانت و جفا پيشه گرفتند .