آخوند از عملكرد سران سياسى مشروطيّت به شدّت انتقاد كرد ، امّا هم چنان به دفاع از اصل مشروطيّت ادامه داد . سرانجام به منظور كسب آگاهى از نزديك و جلوگيرى از كجروىها ، تصميم گرفت به همراه جمعى ديگر از علما به ايران سفر كند ، امّا ناگهان در نجف درگذشت . مرگ او طبيعى تلقّى نشد و اين كه عمّال انگلستان او را مسموم ساختهاند محتمل مىنمايد . چهارده ماه پيش از آن ، شيخ عبد اللَّه مازندرانى به مناسبتى اعلام داشته بود كه زندگى او و آخوند آماج تهديد گشته است .
آخوند خراسانى به سبب تبحّر و نوآورىهايش در فنّ اصول ، شهرت علمى عظيمى كسب كرده است . مهمترين اثر او ، كفاية الأصول ، كتاب درسى طلّاب در پايان دورهء سطح است كه غالباً پايهء كار مدرّسان خارج اصول مىگردد . بيش از صد تن مجتهد بر اين كتاب حاشيه نگاشتهاند . از شاگردان بلند آوازهء آخوند ، ميرزا ابو الحسن مشكينى ، شيخ محمّد حسين كاشف الغطاء ، شيخ محمّد جواد بلاغى ، آقا ضياء الدين عراقى ، آقا شيخ محمّد على شاهآبادى ، سيّد محسن امين عاملى ، آقا سيّد ابو الحسن اصفهانى ، حاج آقا حسين قمى ، سيّد محمّد تقى خوانسارى ، سيّد عبد الحسين حجّت ، سيّد حسن مدرّس ، شيخ محمّد حسين اصفهانى ( كمپانى ) ، سيّد صدر الدين صدر ، حاج آقا حسين بروجردى ، سيّد عبد اللَّه بهبهانى ، سيّد عبد الهادى شيرازى ، سيّد محسن حكيم ، سيّد محمود شاهرودى و آقابزرگ تهرانى را مىتوان نام برد .
از آثار مهم آخوند كتب و رسائل زير شهرت بيشترى يافتهاند :
كفايه الأصول ، تعليقه على المكاسب ، دُرر الفوائد فى شرح الفرائد ، الفوائد الفقهيّة و الأصوليه ، تكملة التبصرة ، شرح تكملة التبصرة ، الاجتهاد و التقليد ، كتاب فى الوقف .
كتابنامه
1 . أعيان الشيعه ، محسن امين ، بيروت : دار التعارف ، 1403 ق ، ج 9 ، ص 5 و 6 .
2 . الاعلام ، خير الدين زركلى ، بيروت : 1969 م ، ج 7 ، ص 234 .