سبزوار گرديد .
بعد از اينكه نادر در سنه 1149 شاهطهماسب را و در سنه 1150 شاهعباس را بقتل رسانيد ، شهربانو بيگم از سبزوار باصفهان نزد فرزند خود آمد . و چون نادر در سنه 1153 از فتح هند برگشته و در اواخر شوال بخراسان آمد ، وى و ميرزا سيد محمد را نزد خود طلبيد ببهانهء اينكه صدارت كل ايران و توليت مشهد خراسان را به سيد محمد داده و او را نزد خود نگاه دارد .
شهربانو بيگم از مقصد او مطلع شده پيغام داد كه : اگر اراده دارى پسر مرا مثل برادرزادهام بقتل رسانى علنا نزد من اين كار را به عمل آور ، و الا من ضعيفهء پير را كه يك پسر دارم بفراق او هلاك مكن !
نادر از اين پيغام فسخ عزيمت نمود و او را با فرزند مرخص و باصفهان باز فرستاد ، و بعد از سه سال ؛ شهربانو بيگم در اصفهان وفات كرد و ميرزا سيد محمد نعش او را بمشهد فرستاده تا در داخل درب طلا دفن كردند .
و در سنه 1154 وقتى كه نادر عزيمت داغستان را داشت ، ميرزا سيد محمد را بسنه و اردلان فرستاده تا از راه همدان و فراهان و قم و طهران بعنوان توليت بمشهد مقدس رود ، و او دو ماه و نيم راه را در مدت بيست روز طى كرد و خود را بدان شهر شريف رسانيد ، و در سنه 1156 بمنصب توليت فائز گرديد ، و در ماده تاريخ آن اين مصرع را گفتند :
آن آيت رحمت الهى
و مدت هفت سال در كمال عزت و شوكت بدان شغل خطير بسر برد . و فهرست أسماء كسانى كه در روضه مقدسهء رضويه ( ع ) متولى بودهاند در 1220 بيايد .
ميرزا سيد محمد در اين بين ، يكبار ببردع سفر كرد ، و بار ديگر بشكى رفت ، و در اين سفر مجلسى مملو از أحبار يهود و پادريان نصارى و علماء اهل سنت و جماعت در باب حقيت مذهب اسلام تشكيل شد ، و چندين نفر از علماء شيعه هم در آنجا حاضر بودند و ميرزا سيد محمد گذارش مباحثات آن را كه دو ماه و نيم طول كشيد خلاصه نموده دروان بسمع نادر رسانيد و باز بمشهد برگشت ، و در سفر أخير كه نادر از كركوك و موصل برگشته بخراسان آمد و أحوال و أوضاع را منقلب ديد محافظت قلعه مشهد را بوى واگذاشت