در ابواب مختلف عبادات و معاملات و پاسخ به نيازها ، پرسشها و مراجعات امّت اسلامى به عنوان تنها مرجع صلاحيتدار و مورد اعتماد مردم . و ديگر ، موضع‌گيرى عليه دستگاه خلافت و فقيهان وابسته به آن . بنابراين « فقه جعفرى » در برابر فقه رايج آن روزگار فقط يك اختلاف عقيده ساده نبود ، بلكه در عين حال ، دو مضمون متعرضانه را نيز با خود داشت : نخست ، اثبات بىنصيبى دستگاه خلافت از آگاهى دينى و ناتوانى آن از پاسخگويى به نيازهاى فكرى و دينى مردم و در نهايت ، عدم صلاحيتش براى تصدّى مقام خلافت اسلامى ؛ و ديگر مشخص ساختن موارد تحريف در فقه رايج كه ناشى از مصلحت انديشى فقيهان وابسته در بيان احكام فقهى و ملاحظه‌كارى آنان در برابر خواست قدرتهاى حاكم بود . امام صادق عليه السلام با عرضه فقه ناب و گشودن باب اجتهاد و بازداشتن ياران خود از عمل به « قياس » ، « استحسان » ، « اخبار غير صحيح » و . . . عملًا به مبارزه با دستگاه خلافت و فقه حكومت برخاست و بدين‌وسيله تمام تشكيلات مذهبى و فقاهت رسمى را - كه يك ركن مهم حكومت بشمار مىآمد - تخطئه كرد و دستگاه خلافت را از بعد مذهبىاش تهىساخت . پيشواى ششم در كشمكش اين دو جريان سياسى و فقاهتى ، مرجعيّت الهى خود و لزوم پيروى مردم از خاندان رسالت را چنين بيان مىكند : « نَحْنُ قَوْمٌ فَرَضَ اللَّهُ طاعَتَنا وَ انْتُمْ تَأْتَمُّونَ بِمَنْ لا يُعْذَرُ النَّاسُ بِجَهالَتِهِ » « 1 » ما كسانى هستيم كه خداوند اطاعت ما را ( بر همگان ) واجب كرده است ؛ در حالى كه شما از كسانى تبعيّت مىكنيد كه مردم به نادانى آنها معذور نيستند .