مرحوم آخوند اگرچه در اصلِ مسألهء موضوع علم ، با مشهور موافقت كرده و همان راهى را طى كرده كه مشهور براى نياز هر علم به موضوع و وحدت موضوع پيمودند ، ولى در مسألهء تمايز علوم ، با مشهور مخالفت كرده و تمايز علوم را به تمايز اغراض مىداند . البته گفته شده است : اولين كسى كه تمايز علوم را به تمايز اغراض دانسته مرحوم مير سيد شريف جرجانى بوده و جماعتى - از جمله مرحوم آخوند - از ايشان تبعيت كرده‌اند . راهى كه مرحوم آخوند براى اثبات مدّعاى خود ذكر كرده است از صدر و ذيل كلامشان به خوبى استفاده مىشود . ايشان در ذيل كلام خود ، كلام مشهور را نفى كرده و فرمود : « و قد انقدح بما ذكرنا أنّ تمايز العلوم إنّما هو باختلاف الاغراض الداعية إلى التدوين لا الموضوعات و لا المحمولات و إلّا كان كلّ باب بل كلّ مسألة من كلّ علمٍ علماً على حدة » . « 1 » و در صدر كلام خود فرمود : « و المسائل عبارة عن جملة من قضايا متشتّتة جمعها