واصل خدماته الثورية بعد انتصار الثورة الإسلامية كعضو في مجلس قيادة الثورة ، وفي قطاعات ثورية أُخرى ، وأُنيطت به مهامّ عديدة ، منها : قيادة الثورة في وزارة الدفاع ، وقيادة قوّات حرس الثورة الإسلامية ، وممثّلية الإمام قدس سره في مجلس الدفاع الأعلى ، وممثّلية أهالي طهران في مجلس الشورى الإسلامي ، وإمامة جمعة طهران .
انتخب أميناً عامّاً للحزب الجمهوري بأغلبية الأصوات ، وانتخب بعد حصوله على أغلبية أصواب الشعب التي بلغت 16008579 صوتاً في حينها لمنصب رئاسة الجمهورية الإسلامية الإيرانية ، وبعد انتهاء فترة رئاسة الجمهورية انتخب مرّة ثانية للرئاسة ، وقبل انتهاء هذه الفترة الأخيرة انتخب قائداً للجمهورية الإسلامية بعد رحيل الإمام الخميني قدس سره ، فأصبح ولي أمر المسلمين . وهو متزوّج ، وله أربعة أبناء .
وقد لبس لباس الميدان الحربي منذ بداية الحرب العراقية على الجمهورية الإسلامية ، ودخل الجبهات متنقّلًا فيها ؛ لتعزيز معنويات المقاتلين ، وحلّ مشاكلهم المعنوية والمادّية والعسكرية ، وعلم على تنسيق القوّات المسلّحة خلال عمله كعضو في مجلس الدفاع الأعلى .
نجا السيّد من محاولة اغتيال استهدفت حياته في أحد المساجد في طهران بتاريخ 27 / 6 / 1981 م ، وأُصيب بجراح ، دخل على أثرها المستشفى .
والسيّد القائد الخامنئي من روّاد التقريب ، وهو مؤسّس مجمع التقريب بين المذاهب الإسلامية ، وله في مجال الوحدة والتقريب خطابات ونداءات وكتابات ، نقتطف شذرات منها :
- « اليوم يحتاج البشر إلى العودة للتوحيد الخالص وقانون العدالة الإسلامية . إنّ العلاج الذي قدّمه الإسلام للبشرية لضمان العدالة هو قانون :
إِنَّ أَكْرَمَكُمْ عِنْدَ اللَّهِ أَتْقاكُمْ
( سورة الحجرات : 13 ) ، وهي دعوة إلى التقوى والورع ونبذ بذور التمييز بين البشر على أساس القومية والعرق والدم واللون وما شابه ذلك .
ولا تزال الدول المتقدّمة في العالم والمتطوّرة من الناحية المادّية تعاني من مسألة