في سنة 1972 م عاد إلى الكويت ، وقام بالتدريس في قسم العلوم السياسية بجامعة الكويت ، وهو قسم ترأسه ما بين 1974 م - 1978 م .
في سنة 1978 م نشر كتاب في لندن « الكويت : الرأي الآخر » يحتجّ على حلّ مجلس الأُمّة ويعارض المرسوم الأميري بهذا الشأن ، فما كان من مجلس الوزراء الكويتي إلّاأن أصدر قراراً بفصل د . النفيسي من عمله في الجامعة ومصادرة جواز سفره ومنعه من السفر إلى الخارج ! وفي سنة 1980 م استعاد جواز سفره ، وذهب إلى المملكة المتّحدة كأُستاذ زائر في جامعة إكستر
( Exeter )
في الجنوب الغربي .
في عام 1981 م طلبته جامعة العين - الإمارات العربية المتّحدة للتدريس في قسم السياسة ، وعمل هناك إلى سنة 1984 م .
في سنة 1985 م ترشّح لعضوية مجلس الأُمّة ، وفاز بالمركز الأوّل في دائرة مشرف وبيان وحولي والنقرة ، كما فاز بالمركز الثاني د . أحمد الربعي . وبعد فوزه بالانتخابات عرض عليه رئيس الوزراء المكلّف آنذاك الشيخ سعد العبد اللَّه السالم الصباح حقيبة وزارية ، لكنّه اعتذر عن قبولها مفضّلًا العمل من خلال المؤسّسة التشريعية .
وفي عام 1986 م صدر المرسوم الأميري بحلّ مجلس الأُمّة ( حلّ غير دستوري ) ، تلا ذلك فترة الفراغ الدستوري الذي عاشته الكويت ، وهي فترة حفلت بانتهاكات خطيرة لحقوق الإنسان ، منها اعتقال عدد من أعضاء مجلس الأُمّة السابقين ، من ضمنهم د .
النفيسي ، وقامت قوّات الأمن بمنعه من التحدّث في الدواوين واقتياده لمخافر عديدة في البلد ، منها الشيوخ الصناعي وكيفان .
وفي عامي 1988 م - 1989 م كان أحد المشاركين في ( دواوين الاثنين ) ، وهي عبارة عن اجتماعات شعبية موسّعة وتظاهرة علنية تطالب بعودة الحياة النيابية في الكويت وملء الفراغ الدستوري الذي عاشته البلاد .
من مؤلّفاته : دور الشيعة في تطوّر العراق السياسي الحديث ، الصراع في ظفار ، الكويت : الرأي الآخر ، عندما يحكم الإسلام ، في السياسة الشرعية ، مجلس التعاون