آيتاللّه ملكى ازآنپس با سكونت در جوار كريمهء اهل بيت عليها السّلام به تحقيق و تدريس خارج اصول ، تفسير ، كلام و معارف تشيّع پرداخت و شاگردانى فاضل و دانا تربيت نمود . و ضمن سكونت در قم ، همچنان مسئوليت مذهبى منطقه ترك را به عهده داشت و مصدر خدمات فراوانى گرديد .
انديشههاى علمى
آيتاللّه ملكى در فقه و تفسير و كلام و معارف صاحب نظر بود به ويژه در معارف و تفسير تبحّرى خاص داشت . روش تحقيق و شيوهء استنباطى او همان سيره و اسلوب فقهاى اصولى شيعه در طول تاريخ است كه به روش اجتهادى موسوم است و از كتاب و سنت و عقل سرچشمه مىگيرد . وى علاوه بر فقه و اصول در معارف ، كلام و اصول دين نيز به اجتهاد و تفقّه مبتنى بر اين سه اصل ، اعتقاد داشت و آن را « فقه اكبر » و بخشى مهم از فقاهت مىدانست و اعتقاد داشت كه مكتب تشيّع يك مكتب غنى است و در ارائهء بنيادهاى اسلامى و اعتقادى و غير آن ، محتاج و وامدار مكاتب ديگر نمىباشد .
گرچه در نظر او علم و عقل جايگاه ويژهاى داشت و حتى برخى اوقات به « علم » سوگند ياد مىكرد ؛ ولى هرگز « اين همانى » بحثهاى عقلانى با فلسفه را قبول نداشت و ترويج ديدگاههاى فلسفى و عرفانى متأثر از انديشههاى دانشمندان يونانى و . . . را نوعى حركت انفعالى و تضعيف اسلام و انحراف از صراط مستقيم تلقّى مىكرد . با توجه به كريمهء
إِنَّ الدِّينَ عِنْدَ اللَّهِ الْإِسْلامُ
اعتقاد داشت مكتب راستين اسلام برتر و بالاتر از آن است كه در ارايهء اصيلترين باورهاى اعتقادى عاجز شده ، دست تكدّى بهسوى ساير مكاتب و تمدّنها دراز بكند ، بلكه دين اسلام محتواى جديد و پويا دارد كه همواره در مقابل انديشههاى كهن يونانى و ما قبل آن قرار داشته است و اسلام ارزش عقل را چه از بعد حقيقت آنكه داراى عصمت ذاتى و پيامبر باطنى قلمداد شده و چه در قلمرو اصول و احكام عقلى بيش از