نجف مورد اعتماد استادش حضرت آيتاللّه شاهرودى قرار بگيرد . به نحوى كه آن حضرت در دادن اجازات به فضلاى مازندران با ايشان مشورت كند . و بنا به فرموده بعضى از بزرگان مرحوم آيتاللّه شاهرودى در دادن اجازه اجتهاد بسيار احتياط مىكرد و غالبا مىنوشت فلانى شاگرد من بوده و نزد من درس خوانده و بالاخره او را در فضل و تقوى تأييد مىكرد . اما براى آيتاللّه محمّدى نوشت . . . بلغ مرتبة من مراتب الاجتهاد . . .
در سال 1338 ش كه در راه مراجعت از نجف خدمت مرجع تقليد شيعيان حضرت آيتاللّه بروجردى مشرف شدند . آن بزرگوار كه شرح حالات آيتاللّه محمّدى را ضمن نامهاى كه توسط نمايندهاش ارسال شده بود ، خواندند . فرمودند :
خواندم احوالات شما را . آنگاه دست به قلم برده ، فرمودند : چيزى براى تو بنويسم كه براى احدى ننوشتم . آيتاللّه محمّدى عرض كردند : زحمت نكشيد . شفاها بفرمائيد كافى است . آيتاللّه بروجردى فرمودند : شما از قبل من در تمام امور مجاز و مأذون هستيد .
اسامى مشايخ اجازه ايشان به اين قرار است :
1 - آيتاللّه سيد محمود شاهرودى 2 - آيتاللّه ميرزا هاشم آملى 3 - آيتاللّه ميرزا حسن يزدى 4 - آيتاللّه سيد روح اللّه خمينى 5 - آيتاللّه سيد محسن طباطبائى حكيم 6 - آيتاللّه سيد محمّد هادى ميلانى 7 - آيتاللّه سيد محمّد رضا گلپايگانى 8 - آيتاللّه سيد شهاب الدّين مرعشى 9 - آيتاللّه سيد ابو القاسم خوئى 10 - آيتاللّه شيخ آقا بزرگ تهرانى 11 - آيتاللّه سيد حسين طباطبائى بروجردى .
يك چنين شخصيت ممتاز علمى كه مىتوانست در حوزههاى بزرگ علميه جايگاه رفيعى داشته باشد . و نام او همه جا مطرح و بر سر زبانها باشد . بنا به پيشنهاد اهالى مؤمن شهر نكا مازندران و صوابديد حضرت آيتاللّه كوهستانى در اين شهر كه جدا نسبت به دانش گستردهاش ضيق بود ، اقامت گزيد و به تدريس و