لا زال الكتاب مخطوطا ، توجد منه نسختان في إيران إحداهما في جامعة طهران برقم 10 / 5398 والأخرى في جامعة مشهد برقم 937 .
وقد أشار آغا بزرك الطهراني إلى نسخة من الكتاب وجدها في العراق ، مدعيا أن اسم الكتاب هو « إشارات الواصلين إلى علوم العميان وتنبيهات أهل العيان » ، وأنه خاتمة لكتاب المؤلف « كشف الأسرار الإيمانية وهتك أسرار الخطابية » . تاريخ كتابة هذه النسخة سنة 685 ه / 1286 م ، وتوجد هذه النسخة الآن في طهران في مكتبة مجلس شورى ، إلا أن نسبتها للبحراني ليست صحيحة على الإطلاق . فهذا الكتاب للإمام ضياء الدين أبي الحسن مسعود بن محمود شيرازي ( ت 655 ه / 1257 م ) ، وهو من تلامذة فخر الدين الرازي ؛ 2 - المنهج ( أو النهج ) المستقيم على طريقة الحكيم : لا زال مخطوطا وتوجد منه نسخ كثيرة في إيران ، والعراق ، وتركيا ، ومصر ، ولبنان . وهو شرح على القصيدة العينية لابن سينا في النفس البشرية . والتي مطلعها :
ورقاء ذات تعزز وتمنع * هبطت إليك من المحل الأرفع
أدّعى المؤلف أن شرحه موافق لفلسفة ابن سينا ، لكنه جاء مغرقا في العرفانية على مستوى الفكرة والأسلوب وكأن الشارح هو ابن العربي ، ولهذا السبب فإن النسخة الموجودة بدار الكتب بالقاهرة رقم 341 والتي لا يوجد فيها اسم المؤلف قد نسبت خطأ لابن العربي .
ولشرح البحراني هذا مختصر أعده أحمد النهاوندي سنة 1280 ه / 1864 م . كما أن لسليمان الماحوزي البحراني ( ت 1121 ه / 1709 م ) شرحا على القصيدة العينية يوجد في المتحف البريطاني برقم 13 / 886 ، لا يعدو - بعد تفحصه - كونه اختصارا هو الآخر لشرح علي بن سليمان ؛ 3 - معراج السلامة ومنهاج الكرامة : لا زال مخطوطا ، ويتناول بالبحث الوجود الإلهي . وهو في الحقيقة نقد لأحد العلماء المعاصرين له الذي يتفق معه في أن وجود الله ليس زائدا على ذاته لكنهما يختلفان في أدلتهما المنطقية على إثبات المطلوب .
توجد من هذا الكتاب مخطوطة في جامعة طهران برقم 4 / 1022 ، وهي بخط العارف الكبير حيدر آملي ؛ 4 - مفتاح الخير في شرح ديباجة رسالة الطير : وهو شرح عرفاني لمقدمة رسالة الطير لابن سينا . لا زال الكتاب مخطوطا وتوجد منه عدة نسخ في العراق وإيران ؛ 5 - قصة سلامان وأبسال :
أشار إلى هذه القصة دون ذكرها ابن سينا في « الإشارات والتنبيهات » ، فحررها البحراني اعتمادا على رواية وترجمة حنين بن إسحاق من كتاب بخط أبي الحسين اللوكري وأرسلها للطوسي - كما يبدو في بعض المراسلات بينهما - كي يضمها شرحه للإشارات ، إلا أن الطوسي لم يرتضها طاعنا في صحة الرواية ومرجحا عليها أخرى ؛ 6 - المراسلات :
جرت عدة مراسلات بين البحراني والطوسي وصلتنا مجموعة منها تعبر عن الأحاسيس الودية التي يكنها كل منهما للآخر بالإضافة إلى تبادل بعض وجهات النظر العلمية . فهناك