ترك إيليا المطران مؤلفات باللغتين السريانية والعربية : في العلوم اللغوية ، والتاريخ والقانون ، واللاهوت المسيحي ، والشعر . من ضمن أعماله معجم عربي - سرياني بعنوان كتاب الترجمان في تعليم لغة السريان ترجم إلى اللاتينية ونشر بروما في 1638 في ثمانية أجزاء . كان لإيليا علاقة بأبي القاسم الحسين ابن علي المغربي ( ت 448 ه / 1056 م ) وزير مشرف الدولة البويهي ، وقد تبادل معه الرسائل في بعض الأمور الدينية والدنيوية مما يعدّ إحدى المعالم المضيئة للحوار الإسلامي المسيحي في العصر العباسي .
آثاره
1 - مجالس إليا مطران نصيبين ، وتتناول هذه الرسالة التي كتبت باللغة العربية الجدل ، والحوار الذي دار بين المطران إليا النصيبيني وبين الوزير أبي القاسم الحسين بن علي بن الحسن بن محمد بن يوسف بن بحر بن بهرام ابن المرزبان بن ماهان بن باذام بن ساسان الملقّب بالمغربي ( 981 - 1061 ميلادية ) .
وقد تحاور المطران والوزير حول أمور العقيدة المسيحية والإسلامية في سبعة مجالس كالتالي : المجلس الأول في التوحيد والتثليث في المسيحية . المجلس الثاني عن الاعتقاد المسيحي في السيد المسيح . المجلس الثالث في التوحيد في الاعتقاد المسيحي . المجلس الرابع عن إثبات التوحيد في الاعتقاد المسيحي بالأدلّة العقلية والمنطقية . المجلس الخامس عن براءة النصارى من الكفر .
المجلس السادس عن أفضلية اللغة العربية والسريانية . المجلس السابع عن اعتقاد النصارى في المسلمين ؛ 2 - رسالة في وحدانية الخاق وتثليث أقانيمه ، وتتناول هذه الرسالة شرح إليا لأسس العقيدة المسيحية في مسألة الأقنوم ، والجوهر الإلهي ، وتأتي هذه الرسالة ردا دفاعيا عن العقيدة المسيحية ؛ 3 - نعيم الآخرة ، يشرح إليا في هذه الرسالة موضوع الفردوس في العقيدة المسيحية وعارض نعيم الجنة المذكور في القرآن الكريم بقوله « ليس ذلك النعيم أكلا ولا شربا بل سرور ومجد لا ينطق به ولذة لا توصف » ؛ 4 - تاريخ الأزمنة ، ويقدّم هذا التاريخ مادة تاريخية هامّة عن الكنيسة الشرقية وعن التاريخ الإسلامي ؛ 5 - رسالة في فضيلة العفّة عن الجماع ، وتعتبر هذه الرسالة من أهمّ رسائله ، وقد وجّه الكاتب رسالته هذه إلى عمر بن بحر ابن محبوب أبي عثمان الجاحظ ( 193 - 255 ) وتأتي هذه الرسالة دفاعا عن امتناع الرهبان عن الزواج واعتراض الجاحظ على ذلك والذي أورده في رسالة الجاحظ الشهيرة بعنوان « الرد على النصارى » ، وفي كتاب الحيوان ؛ 6 - الترجمان في تعليم لغة السريان ، وهو معجم للسريانية والعربية ؛ 7 - رسالة في الموازين والأوزان بعنوان مقالة في الأوزان والمكاييل ، وقد ألفها للجواب على طلب وجّهه له الوزير أبو القاسم ، الذي كتب منظومة شعرية في هذا الموضوع من ستة عشر بابا وتوجد في عدّة مخطوطات محفوظة بدار الكتب المصرية بالقاهرة ، وفي نسخة بالمكتبة الوطنية بباريس . وتمثّل هذه الرسالة العمل الوحيد ذا الطابع العلمي ضمن كتابات المطران إيليا ، ويدلّ عدد النسخ الخمس المتوفّرة ، والتي نقل أربع منها في مصر في فترة متأخّرة ، على التأثير والانتشار اللذين عرفتهما . فإلى حدود القرن الثامن عشر ،