در برخورد با طلّاب شخصيت آنان را هماره رعايت مىكرد ، و به ويژه به سادات احترامى ويژه مىگزارد .
شيخ در تكاليف سياسى و اجتماعى بموقع اقدام مىكرد ، و در مبارزات و درگيريها مقدّم بود .
اشتغال او به عبادات و رياضات و اذكار و اوراد و استغراق ، او در عوالم روحى و تعقّل مستمرّ ، او را از اقدامهاى لازم بازنمىداشت ، ليكن از مشوب گشتن كارها به اميال و اغراض و انحراف از اهداف ، دلسرد مىگشت . و دنبال آن را وامىنهاد . به امور مسلمانان و نابسامانيها مىانديشيد . و از آن چگونگيها رنج مىبرد ، و به ويژه از قلّت « تقواى لازم » ، و « تعهّد ملزم » ، در برخى از روحانيّين ، دلى خونين داشت ، و از استاد خود ميرزاى اصفهانى ، نقل مىكرد : كه آن بزرگ نيز از اين بابت دلى خونى داشته است ، و غمى گران مىخورده است .
آثار وى را ، بايد بيشتر در زحمات 40 ساله او ، در تدريس و تعليم و تربيت شاگردان بسيار دانست .
او اصول ( سطح و خارج ) ، و فقه ، ( در سالهاى آخر ، خارج ) و متون مهم فلسفه و فلسفهء انتقادى و معارف ناب قرآنى ، تدريس مىكرد ، و در كار تربيت خواستاران تعليم و طالبان مىكوشيد . روش تدريس او در حكمت و فلسفه بسيار آموزنده ، و پرورندهء استعداد و نشاندهندهء راه تفكّر اجتهادى ، در مقام تعقّل ، بود . و اين چگونگى بطور نمايان در آثار چاپشدهء وى منعكس نگشته است . و اين امر مايه افسوس است . اما آثار مكتوب وى :
1 . بيان الفرقان ، ( به فارسى ) . در 5 جلد .
جلد اول : در بيان توحيد قرآن ، و فرق آن با توحيد فلسفه و عرفان .
جلد دوم : در بيان وحى و نبوت ، از نظر قرآن ، و فرقهاى آن با وحى و نبوت به مشرب فلسفه و عرفان .
جلد سوم : در بيان معاد قرآن ، ( معاد جسمانى ) ، و وجوه فرق و تفاوت آن با معاد فلسفى و عرفانى ، ( معاد تجسّمى ) .
جلد چهارم ، در بيان نقش اساسى معصوم ( ع ) ، در هدايت اصلى و ضرورت رجوع به معصوم براى فهم قرآن و طلب هدايت از قرآن و بيان حديث مسلم « ثقلين » ، ورد مطالب سخيف و مردود غزالى ، در كتاب « القسطاس المستقيم » ، دربارهء عدم احتياج به معصوم .
جلد پنجم ، در بيان و تحليل مسائل غيبت و رجعت و شفاعت ، و تبيين احاديثى دربارهء « غيبت » و « قيامت » ، و علائم هريك كه خلط شده است .
2 . رسالهاى در معرفة النفس ، شامل :
بيان نظريه ارسطويى و نقد آن .
و نظريهء « مادية الحدوث بودن نفس » ، و نقد آن .
و نظريهء ماديّين دربارهء نفس ، و نقد آن .
و سرانجام تبيين معرفة النفس قرآنى .
3 . رسالهاى در نقد علمى و فلسفى اصول يازدهگانهء ملا صدراى شيرازى ، در مبانى فلسفى خويش .
4 . نسخههايى در برخى علوم غريبه .
* خاطرهاى از آية الله ميلانى
مرحوم شيخ استاد - رضوان اللّه تعالى عليه - در 10 - 15 سال آخر عمر ، درسها را در منزل مىگفتند . در يكى از روزهاى درس اسفار ، ( درس « سفر اول » كه دوستان فاضل نيز شركت داشتند .
اينجانب « سفر چهارم » را نيز تنها خدمت ايشان مىخواندم ) ، مرحوم آية اللّه العظمى حاج سيد محمد هادى ميلانى ، ( م : 1395 ق ) ، تنها و سر زده وارد شدند . ايشان در اوايل اقامت در مشهد ، در كارهاشان ، با مرحوم شيخ استاد ، مشورت و از