وقتى حكيم امجد عليخان سيد المدارس امروهه را تأسيس كرد او را به سمت مدير آن مدرسه منصوب كرد . اما راجاى ديوگام او را مجبور كرد كه به فيضآباد برگردد .
در 12 شعبان سال 1328 ه ق به علت بيمارى به زادگاه خود برگشت و در 15 رمضان 1328 ه ق درگذشت .
مولانا فردى بسيار مهربان ، قانع ، عابد و زاهد ، پاك سرشت و شبزندهدار بود . پايبند نماز شب بود ، تلاوت قرآن مجيد ، صحيفهء كاملهء سجاديه ، دعاى مشلول و غيره را ترك نمىكرد . در شب هر جمعه به زيارت اهل قبور مىرفت . و در مجالس بسيار شركت مىكرد و در عزاداريها اشك مىريخت و هر روز صبح مطالعه مىكرد .
مولانا احمد حسين در شب خواب ديد كه مولوى سيد على حسن امروهوى براى عيادتش آمده است . وى از ضعف خود شكايت كرد ، مولوى گفت : شما پس از آنكه بهبود يافتيد ، بياييد و امروز جناب امير عليه السّلام هم در مسجد جامع تشريف آوردهاند ، وى با شوق زيارت به مسجد آمد و ديد كه روبهقبله ايستادهاند و بر صورتشان نقاب است . مسجد نورانى است . در همين زمان حضرت نقاب را كنار گذاشته او را ديد و لبخند زد . مولانا شروع كرد به خواندن درود و سپس حضرت از ديد پنهان شد .
وى وصيّت كرد كه مرا با اجازهء مولوى اولاد حسين آنجا كه امام را زيارت كرده بودم دفن كنيد . در حال سكرات موت ، قرائت يس و سورهء صافات را گوش مىداد . وسائل تجهيز و تكفين را خودش تهيه كرده بود ، براى حج و روزه و نماز احتياطا مقدارى پول جداگانه نگه داشته بود .
در جايى كه نماز مىخواند ، تختخواب را آماده كرد ، هنگام نزع لبخند زد و با اشارهء دست سلام داد ، سپس خواست كه بلند شود و گفت : « بسم اللّه تشريف بياوريد » و گفت : نگاه كنيد كسى مرا صدا مىزند ، درحالىكه آنجا كسى نبود .
تصانيف او عبارتند از :
1 - شرح نهج البلاغة ( ناتمام )
2 - حواشى مختصر النافع ( فقه )
3 - اعظم المطالب فى آيات المناقب ( چاپى )
4 - آخر الناس عن شر الوسواس
5 - مناقب الابرار
6 - هديهء سنيّه
7 - جواب لا جواب