به ازدواج ايشان درآورد و تا سالى كه مأمون در آن وفات يافت در بغداد ماند ، در اين سال مأمون ( پيش از وفات ) به ايشان اجازه داد به سفر حج روند ايشان نيز به اتفاق همسر خود به حج رفت و تا هنگامى كه معتصم پس از نشستن به جاى برادر در سال 220 يا 225 يعنى همان سالى كه به روايت شيخ مفيد امام وفات يافت ، در مدينه ماند و از اين پس به استدعاى معتصم به بغداد آمد . اين تمام آن چيزى است كه مىتوان از مجموع گفتهها دربارهء ازدواج ، اقامت و وفات ايشان ، نتيجهگيرى كرد و در مورد مدت اقامت ايشان در مدينه و بغداد و تاريخ ازدواج و وفات ايشان در روايات چيز اطمينانبخش و قابل اعتمادى كه به طور قطع بتوان برداشت شخصى از آن كرد ، وجود ندارد .
آنچه مسلم است ايشان بيشترين دورهء زندگى خود را در زمان مأمون طى كردند و در اين فاصله در تنگنا قرار نداشت و كنترلى بر او صورت نمىگرفت و چه در بغداد و چه در مدينه از اين فرصت براى انجام رسالت خود بهرهبردارى كرد شيعيان نيز در مورد امامت او اتفاق نظر داشته و راويان دهها روايت در موضوعهاى مختلف از وى نقل كردهاند .
پژوهشگر منابع فقه شيعه در اينجا و آنجا به مواردى برخورد مىكند كه نشاندهندهء آن است كه راويان گاه مستقيما با او در تماس بودهاند و مثلا مىگويند : از ابا جعفر دوم پرسيدم و برخى ديگر با ايشان مكاتبه داشته و مىگويند كتبا سؤالى را با ايشان در ميان گذاردم و گاهى نيز راوى مىگويد از ابا جعفر پرسيدم از آنجا كه اين كنيه ( ابو جعفر ) ميان او و جدش امام باقر ( ع ) مشترك است وقتى روايت با اين صيغه مطرح مىشود ناگزير بايد قراينى بدست آورد تا آن را به يكى از ايشان نسبت داد .
به عنوان مثال از جمله رواياتى كه از ايشان نقل شده چيزى است كه به نقل از على بن مهزيار در كافى آمده كه مىگويد : ابو الحسن بن حصين به اتفاق من براى ابو جعفر دوم نوشتيم : فدايت گرديم دوستان شما در مورد نماز صبح اختلاف نظر دارند برخى نماز صبح را تا هنگام طلوع فجر اول در آسمان بجاى مىآورند و برخى ديگر تا هنگامى نماز مىخوانند كه در پايين قسمت افق نمايان شود و من نمىدانم كدام يك از اين وقت بهتر است تا در آن نماز بگزارم اگر صلاح مىدانيد بهترين وقت نماز را برايم روشن بفرماييد و با ماه و سپيده در سرخى خود تعيين كنيد و بفرماييد كه به هنگام ابرى بودن چه بايد كرد و در سفر و حضر چگونه بايد نماز خواند . حضرت با خط خود نوشتند :
سيرة الأئمة الاثني عشر ( ع ) ( زندگانى دوازده امام ع ) ( فارسي ) — صفحة 455
مساهمون: هاشم معروف الحسني
ص٤٥٥