شد . اين امير از شيخ خواست كه در مسند وزارت باقى بماند . اما شيخ نپذيرفت ، و تاج الملك به جاى او به وزارت رسيد .
پايان وزارت 412 ه - 1021 م
ابو عبيد مىگويد : شيخ پس از كنارهگيرى از كار سياست پنهانى به علاء الدولهء كاكويه ، فرمانرواى اصفهان ، نامهاى نوشت . در آن نامه مصاحبت وى را خواستار شد ، و خود در خانهء « ابو غالب عطار » پنهان گرديد .
در اين گوشهء انزوا من از شيخ خواهش كردم تا كتاب شفا را تمام كند . شيخ ابو غالب را فراخواند ، و از وى كاغذ و دوات خواست . وسيلهء كار فراهم گرديد و شيخ - بىآنكه به كتابى و مأخذى رجوع كند - به نگارش پرداخت . ابتدا رءوس مطالب را نوشت ، آنگاه به هر مسألهاى مىنگريست و آن را شرح مىكرد .
در هر شبانهروز پنجاه ورق بدين روش مىنوشت تا همهء طبيعيات و الهيات را به پايان رسانيد ، و تنها كتاب حيوان و كتاب نبات باقى ماند .
زندانى شدن ابن سينا
پس از چندى ، تاج الملك وزير ، شيخ الرئيس را به مكاتبهء با علاء الدوله متهم كرد . به جستجو پرداخت تا وى را دستگير ساخت و در قلعهء « فردجان » به زندان افكند . شيخ چهار ماه در اين زندان به سر برد تا آنگاه كه علاء الدوله به همدان حملهور شد و آنجا را بگرفت . سماء الدوله و تاج الملك ، از ترس جان ، به قلعهء فردجان - كه شيخ در آنجا زندانى بود - پناه بردند . علاء الدوله به اصفهان بازگشت ، و اين امير و وزير فرارى به اتفاق شيخ ، از قلعه بيرون آمدند و بر سر خانمان شدند . شيخ پس از ورود به همدان در خانهء « علوى » فرود آمد ، و ديگر بار به نگارش منطق شفا پرداخت . در زندان نيز كتاب هدايه و رسالهء حى بن يقظان را تصنيف كرده بود .
فرار به اصفهان 414 ه - 1023 م
ابو عبيد مىگويد : روزگار به دشوارى مىگذشت ، تاج الملك به شيخ وعدهها مىداد ، و شيخ در انديشهء سفر به اصفهان و پيوستن به علاء الدوله بود . سرانجام فرصت مناسب پيش آمد . شيخ و برادرش و من و دو غلام در لباس صوفيان از همدان بيرون شديم ، و راه اصفهان در پيش گرفتيم تا پس از رنج بسيار به روستاى « طيران » نزديك دروازهء اصفهان رسيديم .
دوستان شيخ و نديمان علاء الدوله به پيشواز آمده و جامه و مركب مناسب به همراه آورده بودند . شيخ را با اعزاز و اكرام در محلهء « كونگنبد » به خانهء عبد اللّه بن بىبى - كه از هر جهت آراسته شده بود - فرود آوردند .
علاء الدوله - پس از ورود شيخ - فرمان داد كه هر شب جمعه شيخ و ديگر دانشمندان اصفهان در كاخ پادشاهى و در پيشگاه او مجلس بحث و مناظرهء علمى برپا دارند . در اين مجلس هفتگى هيچ يك از