بناها في أيام زعامته الروحية في نحو الربع الأول من القرن الرابع عشر الهجري ، ولما كان الشيخ ( الآخوند ) أكبر مرجع روحاني فقد عني عناية خاصة بأسلوب التدريس وتغيير طرق البحث ، خصوصا في علم ( الأصول ) فقد اكتظت المدارس ودور البحث بعدد الطلاب من جميع الأقطار الاسلامية وأصبحت الحاجة إلى الكتب أكثر من اي وقت آخر بسبب الاقبال على الدرس ، وحضور بحث ( الآخوند ) خاصة ، فاهتم الآخوند اهتماما كبيرا بمكتبة المدرسة الكبرى الواقعة عند نهاية ( فضوة الحويش الصغرى ) من محلة الحويش ، ومكتبة المدرسة الوسطى الواقعة في شارع ( آل الأعسم ) والقاموسي من محلة البراق ، حتى لقد ضاقت الغرف المخصصة للكتب في هاتين المدرستين ، وقد امتازت مكتبة المدرسة الكبرى بأنها حوت جميع الكتب والمصادر التي يحتاج إليها الطالب من أول دراسته المبتدية حتى آخر مراحل التدريس ، وقد احتوت على كثير من النسخ المكررة بقصد تسهيل الاستعارة ، والمطالعة لأكبر عدد من طلاب العلم ، اما مكتبة المدرسة الوسطى فعلى انها أقل عددا من المكتبة الأولى فقد كانت تضم الكتب النادوة للدراسات العليا على غرار مكتبتي مدرستي الخليلي وان حال المكتبتين اليوم بسبب فقدان العناية ومرور الزمن ، كحال مكتبات المدارس الأخرى من التلف وفقدان الكتب المهمة ومع ذلك فان مكتبة المدرسة الكبرى لا يقل عددها عن ( 2000 ) كتاب وبضمنها المخطوطات النادرة المهمة .
مكتبة مدرسة اليزدي
وهي مكتبة أنشئت في نحو الثلث الأول من القرن الرابع عشر الهجري ، بعد انتهاء بناء المدرسة الكبيرة الفخمة التي بناها السيد محمد كاظم البزدي في الشارع المسمى اليوم باسم مدرسة اليزدي ، من سوق الحويش ، وميزة