وفي هذه المكتبة التي تحتوي على عشرة آلاف نسخة من الكتب اليوم عدد من المخطوطات النفيسة ، وأغلبها مستنسخة من نسخها الأصلية وبخط مؤسسها ( النجف آبادي ) فقد كان رجلا ، عالما ، فاضلا ، ويبلغ عدد مخطوطاتها نحو ( 1000 ) كتاب .
ومن نوادر كتبها :
1 - كتاب ضياء العالمين
2 - كتاب أنوار التوحيد
3 - كتاب الصوارم الحاسمة .
4 - تلقيح المناظر - تأليف ابن الهيثم ، وهو من كبار علماء الفلسفة والعلوم الرياضية .
5 - تهذيب الأحكام لمؤلفه محمد بن الحسن الطوسي .
6 - نتائج الافكار لزين الدين بن علي بن أحمد العاملي مخطوط بسنة 950 هجرية .
7 - شرح الياقوت مخطوط بسنة 787 ه .
مكتبة مدرسة القوام
ومن المكتبات العامة : المكتبة التي تأسست مع مدرسة القوام الواقعة في مجلة المشراق وبجوار مقبرة الطوسي ، والتي بنيت بنفقة فتح علي خان الشيرازي في أوائل القرن الرابع عشر الهجري وقد تناقل اخبار كتبها العلماء والفضلاء ، وكان لمكتبتها فضل في تسهيل مهمة الطلاب وجلهم كان من فحول العلماء وهي الأخرى لم يعد لها ذكر اليوم وقد آلت كتبها إلى الضياع والتلف .