ملا صدرا ، كتاب هدايه را به سبك حكمت مشّاء و به مذاق مؤلف كتاب ، شرح نموده است و خيلى جديت نموده است حتى المقدور به مبانى ابهرى سر و صورت بدهد و تا آن جايى كه مقدور است و امكان دارد كلمات كتاب را به وجوه صحيح حمل نمايد و نظير برخى از شارحان ، مثل فاضل اشارات به جاى شرح مشكلات ، به جرح مباحث نپردازد . در شرح مطالب خاتمهء كتاب هدايه در مقام تقرير متن ( في احوال النشأة الآخرة ) بعد از تقرير و تحرير كيفيت ظهور نفس به وساطت عقول طولى به سبك مؤلف ( نه طريقهء خود ) گويد :
« . . . و ممّا يجب أن يعلم قبل الخوض في تلك المقاصد أنّ المعاد على ضربين ، ضرب لا يفي بوصفه و كنهه إلّا الوحي و الشريعة ، و هو الجسماني باعتبار البدن اللائق بالآخرة و خيراته و شروره ، و العقل لا ينكره ، و ضرب يمكن تصحيحه من جهة النظر و القياس ، و الشرع لا ينكره ، بل ربما يشير إليه إشارات مقنعة و عبارات مشبعة تكفي لطالب الحق و اليقين ، و تهدي لمن يشاء إلى صراط مستقيم كقوله :
« يا أَيَّتُهَا النَّفْسُ الْمُطْمَئِنَّةُ ، ارْجِعِي إِلى رَبِّكِ راضِيَةً مَرْضِيَّةً »
.
شرح
كلام از بن و بيخ اساس درستى ندارد ؛ براى آن كه ملا صدرا در اين كتاب ، مكرر به مباحث و مطالب اسفار و ساير كتب خود حوالت داده و تحقيق كامل كثيرى از مباحث را به اسفار ارجاع داده است . به نظر حقير ملا صدرا مرتب در آثار خود تصرف مىنموده است و اسفار را هم در مدت طولانى تكميل نموده است ، لذا به كتبى كه اوايل عمر خود نوشته است ، مراجعه مىنموده و در پارهاى از مطالب ، تجديد نظر مىنموده و چه بسا حل كثيرى از مطالب را به كتابهايى كه بعدها تأليف نموده است ارجاع داده است و از آخوند ، كتابى در دست نداريم كه حكايت نمايد از اين كه ملا صدرا هنگام تأليف آن ، به مشرب اصالت ماهيت و ذوق التألّه گرايش داشته است و يا آن كه به حركت جوهرى معتقد نبوده و يا نفس را روحانية الحدوث مىدانسته است با آن كه در شرح هدايه ، مباحث معاد را به طريق شيخ ، تحرير نموده است و نفس را هم مثل شيخ در اين كتاب روحانية الحدوث مىداند و در همين شرح هدايه كرارا به اسفار و ديگر آثار خود كه عقايد خاص خود را در اين تأليفات تحرير فرموده است ، ارجاع داده است .