حضرت خواجهء اجمير نسبت به او انكارى دست داد ، معاندان به راهنمونى بعضى مشايخ فتحپورى كه ايشان نيز در استيصال و قهر ابناى جنس مساعى جميل بليغ مشكور فرمودهاند - جزاهم الله - بر نفى نسبتش اداى شهادت نموده گفتند كه از حضرت خواجه عقب نمانده و در اين باب صدور و قضات نيز بهموجب زمانهسازى ، ع :
و للدّهر اثواب فكن فى ثيابه
محضر نوشتند و آن توليت موروثى چندين ساله به ديگران تفويض يافت و شيخ چون دستگاهى عظيم داشت و در آن صوبه پادشاهانه زندگانى مىكرد و سوانح ديگر علاوهء آن شد ، غيرت اولوالامرى تاب نياورده او را حكم اخراج بهجانب مكّهء معظّمه فرمودند تا در سفر بانسواله رخصت گرفت و به زيارت حجّ اسلام فايز گرديده باز آمد و روزى كه از فتحپور آمده به عزم توجّه به كابل بر سر محمد حكيم ميرزا روانه شدند . شيخ از سفر حجاز آمده ملازمت نمود و شرايط آدابى كه نومذهبان نومسلم و نومريدان نودولت حالا قرار دادهاند از او به وقوع نينجاميد . بعد از مطالعه در صفحهء احوال و خطوط پيشانى او معنى بىاخلاصى به زعم خود مشاهده نموده حكم حبس در قلعهء بكر فرمودند .
چند سال آنجا بهسر مىبرد تا در سنهء اثنى و الف ( 1002 ) به سعى بعضى مقرّبان معتقد شيخ را حكم طلب از بكر شد و چون همراه بعضى از محبوسان مثل شيخ كمال بيابانى قلّاب كه شمّهاى از ذكرش بالا مذكور گشت و قاضيان فتحپور كه به سعى شيخ ابراهيم چشتى تا چهارده سال آنجا محبوس بودند و به وسيلهء ميرزا نظام الدين احمد فرمان به نام ايشان رفته بود آمده كورنش نموده سجده كردند و حكم به خلاص ايشان صدور يافت و چون شيخ پير معمّر هفتاد ساله بود و آداب خدمت ملوك و طريق ملازمت ايشان هرگز نورزيده و نمىداند به وضع قديم تعظيمى فى الجمله و تسليمى ناتمامى كرد ، باز از او رنجيده و ناخوش آمده حكم به ميرزا فرمودند كه فرمان سيصد بيگه زمين مدد معاش در بكر نوشته او را بار ديگر روانهء آنجا سازد . بيگم پادشاه والدهء خليفة الزمانى به اندرون محلّ در مقام شفاعت درآمده گفت كه بوتم او والده پير فرتوت دارد در اجمير و دلش از براى ديدن فرزند كباب است ، چه شود اگر او را رخصت وطن فرماييد و هيچ مدد معاش از شما نمىخواهد . قبول نفرموده گفتند كه آنچه جيو در آنجاكه مىرود باز دكانى براى خود وا مىكند و فتوحات و نذر و نياز بسيار پيشكش او مىآرند و جماعتى را گمراه