خوارزمشاه به تعمير مسجد نپرداخت اما پسرش سلطان غياث الدين محمود بعد از آنكه پادشاه شد عمارت آن موضع متبرك را تمام ساخت . چون مدتى بر اين حال بگذشت و به سبب طغيان چنگيز خان و خرابى ولايات خراسان ، آن منزل رفيع البنيان روى به ويرانى نهاد تجديد و تعميرش به سعى و اجتهاد پادشاه نيكو نهاد ملك غياث الدين كرت اتفاق افتاد . پس از فوت وى معز الدين حسين در زيب و زينتش شرط جد بهجاى آورد ، و در زمان حضرت خاقان سعيد مغفور مبرور امير جلال الدين فيروز شاه نيز فى الجمله مرمتى كرد .
بيت
هركه آمد عمارتى نو ساخت * رفت و منزل به ديگرى پرداخت
وان دگر پخت همچنان هوسى * وين عمارت بسر نبرد كسى
و در ايام دولت و اوان سلطنت سلطان صاحبقران و خاقان گيتىستان معز السلطنة و الخلافة سلطان حسين بهادر خان - خلد اللّه تعالى ظلال اقباله و انجح بالخير جميع مقاصده و آماله - طاق معمورهاش شكستى تمام يافته و اطراف قبهء معمورهاش به سرحد خرابى شتافته جدار بلند مقدارش مانند راكعان ، پشت خم كرده و پيل پايههاى عالى آثارش مثال ساجدان ، روى نياز بر زمين آورده سفيدى گچ از سقف مرفوعش مرتفع شد و خاك سياه نمناك بر زير فرش ميمونش مجتمع گشت .
چون اين معانى بر ضمير انور عالىجناب مقرب الحضرة السلطانى پرتو انداخت همگى همت عالىنهمت بر تجديد بناى اين مسجد شريف و تشييد اساس اين معبد منيف مقصور ساخت و از پادشاه اسلام اجازت طلبيده و از ارواح مشايخ عظام استمداد كرده در رمضان سنهء ثلث و تسع مائه نخست به باز كردن پشت طاق مقصوره كه مكسور گشته بود امر نمود . بعد از آن به استصواب معماران صادق و مهندسان مدقق به راست ساختن آن بنابر وجهى كه از آن محكمتر نتواند بود اشارت نمود و در دو جانب صفهء مقصوره دو ايوان عالىشان بنا نهاد و به آن جهت طاق بزرگ را استحكام تمام و متانت لاكلام داد . و آن بانى مبانى خيرات به واسطهء كثرت اهتمام در اتمام اين عمارات هر روز به نفس نفيس به آن مقام شريف تشريف مىفرمود و بسيارى از روزها دامن در ميان زده مانند ساير مزدوران ، خشت به دست استاد مىداد و كار مىكرد . و در هرچند روز معماران و استادان و ساير پيشهوران آنجائى را جامههاى گرانمايه مىپوشانيد و به نوازش موفور و انعامات غير محصور خوشدل و مسرور مىگردانيد . لاجرم به توفيق الهى و تأييد