حسينعلى ميرزاى فرمانفرما و برادرش شجاع السّلطنه حسنعلى ميرزا در شيراز علم طغيان برافراشتند و فرمانفرما برادر را بتسخير عراق فرستاد و چون شاه از جانب جهانگير ميرزا و خسرو ميرزا برادران خود نيز انديشناك بود و ميترسيد كه طرف مخالفين ديگر را بگيرند امر داد ايشان را در اردبيل كور كردند .
محمد شاه پس از رسيدن بطهران قائم مقام ثانى را بصدارت برگزيد و بتدبير او و سردارى لندزى و منوچهر خان گرجى معتمد الدوله سپاهى مجهز بجلوگيرى شجاع السلطنه فرستاد و ايشان در نزديكى قمشه سپاه شجاع السلطنه را شكست دادند و معتمد الدوله شيراز را از دست دو برادر مدّعى گرفت و فرمانفرما و شجاع السلطنه هر دو دستگير شدند ، شجاع السلطنه نابينا و زندانى گرديد و فرمانفرما نيز كمى بعد در وباى عام طهران مرد .
قتل قائم مقام در شب سلخ صفر 1251
محمد شاه پس از آنكه باستعانت و تدبير قائم مقام بر اكثر مدعيان فايق گرديد و بر كرسى سلطنت مستقر گرديد همان راهى را رفت كه پدرش در قتل اعتماد الدوله حاجى ميرزا ابراهيم كلانتر پيش گرفته بود و پسرش در كشتن ميرزا تقيخان امير كبير پيروى نموده به اين معنى كه بقتل قائم مقام ثانى مدبر امور و بانى اساس سلطنت خود دست زد و علت اين امر علاوه بر اصلاحات مالى كه قائم مقام به آنها اقدام كرده و بر خلاف ميل غالب اعيان دربارى بود اينكه شخص قائم مقام نيز تا حدى مغرور و مستبّد برأى محسوب ميشد و در كارها برعايت رأى محمّد شاه كه مردى ضعيف النفس و بىتدبير بود اعتنائى نداشت .
مخالفان قائم مقام با حاجى ميرزا عباس يعنى حاجى ميرزا آقاسى كه خود را عارف و مرشد نيز ميدانست و به همين سبب و به علت سابقهء معلمى در مزاج شاه نفوذى داشت همدست گرديدند و بوسيلهء او شاه را نسبت به كسى كه حقوقى مسلم بر پدر و شخص او داشت بر سر خشم آوردند . شاه در روز 25 صفر 1251 قائم مقام را از باغ لالهزار ( در جنب خيابان لالهزار حاليهء طهران ) كه در آنوقت در خارج شهر قرار داشت بباغ نگارستان ( محل دانشسراى عالى ) احضار نمود و قائم مقام بدون آنكه