وبعد عمر حافل بجلائل الأعمال لم ينقطع فيه عن عمل في السياسة أو عمل في التأليف ، وبعد أن تجاوز الثمانين ، ولخمس بقين من ربيع الأول سنة 436 مشى به المشيعون في حشد من تلاميذ مدرسته . فتولى غسله تلميذه « أحمد بن الحسين النجاشي » ، يعاونه الشريف أبو يعلى « محمد بن الحسن الجعفري » ، و « سلار بن عبد العزيز » ، وكلاهما من أعلام تلاميذه ، وصلى عليه ابنه في داره بالكرخ ، ثم دفن في مساء اليوم الذي توفي فيه ، فانطوى بموته علم من أعلام القرن الرابع ببغداد . هذا وللمرتضى كما لأخيه « الرضي » ضريحان قائما حتى اليوم في الكاظمية ، قرب مرقد الامام « موسى الكاظم ( ع ) » ، تسرج فيهما المصابيح ليلا ، ويقصدهما العامة للتبرك وقراءة الفاتحة ، وقد تعاقبت الأيدي على هذا منذ زمن يجهل مداه على التحقيق ، ولكنه ليس بالقريب على كل حال . يقابل ذلك حديث المؤرخين ورجال البحث الذاهب إلى أنهما ليسا مرقدي الشريفين ، وأنهما دفنا في كربلاء عند ضريح الحسين ( ع ) . ولقد حاولت جهد الطاقة دراسة ما تقوم عليه هذه اليد ، وما يتحدث به الخاصة ، فانتهيت إلى : 1 - أن التاريخ القديم شيعيا وغير شيعي يجمع على أن كلا من الشريفين دفن في داره ( 1 ) ودارهما - بحسب ما يراه المعاصرون العارفون بخطط بغداد - ليستا حيث مرقدهما الآن . 2 - أن التاريخ الشيعي قديما وحديثا ينص على أنهما نقلا بعد الدفن في دارهما إلى كربلاء ، ( 2 ) ودفنا في مقبرة جدهما الأعلى إبراهيم المجاب ، ( 3 ) وتقع مقبرته جوار ضريح الإمام الحسين ( ع ) . 3 - إن تقليدا شيعيا شائعا منذ القرن الرابع حتى اليوم ينقل تمسكا به جثمان الملوك والوزراء والشخصيات العلمية إلى حيث يرقد الإمام الحسين ، أو الإمام علي بن أبي طالب ( ع ) . وقد دفن في النجف على العهد البويهي « عضد الدولة » وابنه « شرف الدولة » و « بهاء الدولة » وكثير من الملوك والوزراء البويهيين ، وإن تكن « مقبرة قريش » في بغداد حظيت تربتها بكثير من أعلام الشيعة . ( 4 ) ( 5 ) 4 - إن تقليدا أسريا لآل « أبي أحمد » يقضي في الغالب بدفن أفراد الأسرة في « كربلاء » ، فقد دفن والد الشريفين النقيب « أبو أحمد » ( 6 ) في داره ثم نقل إلى مشهد الحسين « بكربلاء » وأن أختا للشريفين نقل جثمانهما إلى « كربلاء » ( 7 ) وأن زوجة الشريف المرتضى ( 8 ) ماتت ببغداد ونقل جثمانها إلى كربلاء ، فالملاحظ أن من تقاليد هذه الأسرة أن تتخذ من مرقد الإمام الحسين ( ع ) مدفنا لها .