پس از چندى در زمان خلافت خليفه سوم به اطلاع خليفه رساندند كه در اثر مساهله و مسامحهاى كه مردم در استنساخ و قرائت قرآن كردهاند اختلافاتى به وجود آمده و از اين راه كتاب خدا با تحريف و تغيير به شدت تهديد مىشود .
مقام خلافت براى جلوگيرى از ين خطر دستور داد كه مصحفى را كه براى اولين بار به امر خليفه اول نوشته شده بود و پيش حفصه زوجه پيغمبر اكرم صلي الله عليه و سلم و دختر خليفه دوم بود به امانت گرفتند و پنج نفر از قراء صحابه را كه يكى از ايشان باز زيد بن ثابت متصدى جمع آورى مصحف اول بود ماموريت داد كه نسخههائى از آن بردارند كه اصل ساير نسخ قرار گيرد و دستور داد كه قرآنهائى كه در ولايات در دست مردم است جمع آورى شده به مدينه فرستاده شود ازين قرآنها هر چه به مدينه مىرسيد به امر خليفه مىسوزانيدند ( يا به قول برخى از مورخين مىجوشانيدند ) .
بالاخره نسخه چندى نوشته شد كه يكى از آنها را در مدينه نگهداشتند و يكى از آنها را به مكه و يكى به شام و يكى به كوفه و يكى به بصره فرستادند .
گفته مىشود كه غير از اين پنج نسخه يك نسخه نيز به يمن و يك نسخه به بحرين فرستادهاند و اين نسخهها است كه مصحف امام ناميده مىشوند و اصل ساير نسخهها مىباشند .
اختلافى كه اين نسخهها با مصحف اولى در ترتيب دارند تنها اينست كه در مصحف اول سوره برائت در ميان مئين گذاشته شده بود و سوره انفال نيز در ميان مثانى جاى داشت و در مصحف امام سوره انفال و برائت را يك جا در ميان سوره اعراف و سوره يونس ثبت كردند .
اهتمام مسلمين در امر قرآن مجيد
چنان كه پيشتر اشاره شد در زمان جمع آورى قرآن براى بار اول و بار دوم