مىنموده . و بعد از وفات وى خود مستقلا بتدريس پرداخت ، و بعد از وفات فاضل ايروانى كه در سال ( 1306 ) بوده در ايران شهرتى پيدا نمود ، و بعد از وفات ميرزاى شيرازى مرجع تقليد گرديد ، و حكم بحرمت حج از راه جبل فرمود ، و چندين كتاب تأليف نمود :
اول « كتاب بزرگى در اصول فقه » كه از « قوانين » بزرگتر مىباشد .
دويم كتاب « تقريرات » دروس فقه و اصول استادش حاج سيد حسين مذكور ، در نه جلد .
سيم كتاب « ذخيرة العباد » براى روز معاد ، كه رسالهئى است عمليه و از حسن جامعيت و روانى تا سالها بعد از فوتش مورد تحشيهء چندين نفر از مراجع تقليد قرار گرفت .
چهارم « كتابى در نماز » . پنجم « كتاب متاجر » . ششم « تعليقه بر مكاسب » شيخ . هفتم « تعليقه بر فرائد » آن جناب . هشتم « رسالهئى عمليه » .
و چندين نفر كه قريب صد و پنجاه نفر بودهاند در نزد او درس خواندهاند . و بالاخره وى در بين الطلوعين روز آدينه هفدهم ماه رمضان المبارك سنه هزار و سيصد و بيست و دو - مطابق 3 قوس ماه برجى - در نجف وفات كرده چنان كه در « احسن الوديعه » و « الذريعة » فرمودهاند ، و هم در « احسن الوديعه » بنقل از « ديوان سيد جعفر حلى » در 1324 فرموده و آن را تضعيف نموده .
و بههرحال ، وى در نجف در صحن مطهر در غرفهاى مخصوص در طرف شمال دفن شد .
و در « احسن » بعد از تاريخ وفات بنحو مذكور فرموده : پس اينكه كاتب نجفى در ذيل ص 416 از « ديوان سيد جعفر حلى » وفاتش را در سال 1324 نوشته وجهى ندارد ، انتهى . و برخى از شعراء ادبا در تاريخ وفات او گفته :
يا ناعى الاسلام منه بفاضل * قد كان فخر الدّين و هو محمد
أعلمت من تنعاه ويلك انه * بمكارم الاخلاق فينا مفرد
ما كان صبرى فى عزاه محمدا * و الصبر بعد محمد لا يحمد
قلم القضاء اذ قد جرى بوفاته * أرخ : لقد غاب النبى محمد
1322
و او بعد از خود فرزندانى بازنهاد : يكى آقا محسن كه از جمله علما بوده و « رسالهئى » در احوال پدر خود تأليف نموده . و ديگر حاجى حسن آقا كه او را در « جريدهء