قرار دادند و الا مىبايستى جامع را در وسط شهر بنا كنند . بانى مسجد ، بنابر شرحى كه صاحب حبيب السير در كتاب خلاصة الاخبار مىنگارد ، اولا سلطان ابو الفتح محمد سام است كه در اواخر دولت خود بنا نهاد و قبل از اتمام اين بنا درگذشت . برادرش سلطان شهاب الدين به واسطهء اشتغال به مخالفت خوارزمشاه به عمارت مسجد نپرداخت . اما پسرش سلطان غياث الدين محمود بعد از آنكه پادشاه شد عمارت مسجد را در پانصد و نود و هفت تمام نمود . چون چندى بر آن بگذشت به سبب طغيان چنگيزى و خرابى ولايت خراسان رو به خرابى نهاد . ملك غياث الدين كرت به مرمت آن كوشيد . بعد از فوت وى ، ملك معز الدين حسين در تزئينات مسجد مبالغهء تمام نمود . امير جلال الدين فيروز شاه نيز مرمتى از اين مسجد كرده است . در ايام سلطان حسين ميرزاى گوركانى ، چون رو به انهدام نهاده بود ، امير عليشير وزير سلطان حسين ميرزا در سنهء نهصد و سه به تجديد اين عمارت پرداخت و ابتدا كرد به باز كردن گنبد و پشت طاق مقصوره و در دو جانب صفهء مقصوره دو ايوان عالى بنا نمود و كار سه چهار سال را در شش هفت ماه تمام كرد چنانكه رفعت ايوان مقصوره زياده از شش هفت ذرع بيش از آنچه پيش بود شد . و قطعات در ماده تاريخ اين مرمت گفتهاند . ولى بهترين تاريخها لفظ : « مرمت كرد » است و معين الدين اسفزارى همين لفظ را در ضمن قطعه تاريخ قرار داده و صورت قطعه از قرار ذيل است :
نظام دولت و دين مير پادشاه نشان * كه دولت دو جهانيش حق كرامت كرد
مرمتى كه ز اصل بنا فزونتر بود * در اين مقام شريف از علو همت كرد
تو اتفاق حسن بين و اقتضاى زمان * كه چون موافق تاريخ شد : « مرمت كرد »
و علاوه بر استحكام و متانت اصل بنا ، زينت زياد از كاشيكارى و نقشهاى بديع و حجارى در اين مسجد نمود و طاق و رواقها را به نقوش اسليمى و ختائى بياراست و چون منبر قديم از چوب گردو و در هم شكسته بود منبرى از سنگ مرمر كه سنگ آن را از ولايت خواف به دست آوردند