كتاب را بر هم گذاشتم و با چشم پر اشك و مأيوس از فهميدن خوابيدم . سحر بيدار شدم قبل از اينكه برخيزم چراغ را روشن نموده و كتاب را باز كردم و آن يك سطر را مطالعه نمودم و به همان نظرهء اولى مطلب بهطور وضوح و آشكارا فهميده شد ، تعجب نمودم كه سر شب چهطور شد در اين راه هموار كميت فكر من لنگ گرديده بود . . .
طلبه بايد درس بخواند ، يعنى براى دستگيرى و هدايت و ارشاد جهّال درس بخواند كه بندگان خدا را از ورطهء جهالت و ضلالت برهاند كه خدا چنين طلبه را دوست خواهد داشت و بالاخره عالم و چيز فهم گردد . ولى اگر به هيئت ماليهء دنيا و رياست دنيا و غلبه بر امثال و اقران درس بخواند ، تن به زحمت چيز فهمى ندهد و درصدد آن نباشد بلكه به چهار كلمه لفاظى و صناعى كه جهال را به او قانع توان كرد قناعت كند و لذا كسانى كه تقدّس به خرج دهند و تدليس پيشه گيرند ادراكات علمى ندارند و معارف يقينى در آنها نيست و حال آنكه اوّل الدين معرفة اللّه بلكه آخر الدين معرفة اللّه و وسط الدين معرفة اللّه .
« و ما خلقت الجن و الانس الا ليعبدون » ( اى ليعرفون ) .
در اينجا مرحوم آقا نجفى از علماى متظاهر و عوام فريب تعبير به دين فروشان و راهزنان كرده و مىنويسد : « . . . اينطور اشخاص دين فروش و راهزنانند ، بايد حتى الامكان دست آنها را كوتاه كرد و به اين طايفه نبايد چيز آموخت كه سلاح به دست دزد و دشمن دين دادن است . . . تعليم اين طور اشخاص بدتر از بيع اسلحه است با كافر حربى :
مار بد تنها همى بر جان زند * يار بد بر جان و بر ايمان زند
بلكه اجازهء اجتهاد به اينها دادن ولو مجتهد هم شده باشند بدتر از محرّمات شديده است . »
در سال 1318 ق . كه سال چهارم توقف آقا نجفى در اصفهان بوده چون از توقف چهار ساله در اصفهان ملول مىشود ، پس از فروش مقدارى كتاب و اثاثهء مختصرى كه داشته با ده تومان پول نقره به اتفاق يك نفر از طلاب شيرازى كه او نزدش مطوّل مىخوانده راه عتبات عراق را در پيش گرفته پياده عازم نجف مىشوند .
روز شانزدهم ماه رجب ، سال 1318 ق . يعنى در سن 23 سالگى وارد نجف مىشود .