حضرت على عليه السلام در اين مرحله از زندگى خود تا آنجا كه مصالح اسلام و امّت اسلامى اقتضا مىكرد در زمينه‌هاى فرهنگى و سياسى و محورهاى ديگرى كه به آن حضرت رجوع مىشد ، با دستگاه خلافت همكارى مىكرد . تاريخ موارد زيادى از همكارى آن حضرت با دولتمردان معاصر خود را ثبت كرده است . اين همكارى و گره‌گشايى از كار خلفا به قدرى چشمگير بود كه آنان بناچار به بزرگوارى ، دانش فراوان و خدمات ارزنده آن حضرت در حق دستگاه خلافت اعتراف مىكردند ؛ چنان كه خليفه دوّم مكرر مىگفت : « لَوْ لا عَلِىٌّ لَهَلَكَ عُمَرُ » « 1 » ؛ يعنى اگر على نبود عمر هلاك شده بود ! البته همكارى امام عليه السلام با خلفا هيچ‌گاه به مفهوم تأييد اصل نظام حاكم و سياست‌هاى كلّى آن نبوده است ؛ از اين رو امام عليه السلام در كنار اين همكارىها ، انتقادها و رهنمودهاى سازنده هم داشته است . آنجا كه تصميم‌گيرى و سياستگذارى خليفه يا ديگر دست‌اندركاران ، بر خلاف مصالح عمومى امت اسلامى بود ، امير مؤمنان عليه السلام ساكت نمىنشست و موضوع را به خليفه گوشزد مىكرد ، ضمن آنكه راه و روش درست و صواب را نيز ارائه مىداد . به‌عنوان نمونه يكى از لغزش‌ها و نقطه ضعف‌هاى عثمان از نظر امير مؤمنان عليه السلام جذب افراد منحرف و بدسابقه به دستگاه خلافت و دادن پست و موقعيّت به آنان بود .