ايشان از نقطه نظر علمى و صفاء روحى در هنگام اقامت در نجف اشرف مشارٌ بالبنان بود . و مرحوم آية الله حاج سيد عبدالهادى شيرازى - رضوان الله عليه - بارها به اطرافيان خود مىفرمود :
اگر آقاى سيّد محمّد حسين در نجف بماند و به ايران نرود مرجعيّت شيعه را در آينده به انحصار خود درخواهد آورد .
مرحوم آية الله خوئى - رحمة الله عليه - مىفرمودند :
من درس فقه را براى دو نفر شروع مىكنم : يكى آقاى سيّد محمّد حسين و دومّ آقاى سيّد على سيستانى ( آية الله سيّد على سيستانى مد ظلّه ) .
و مع ذلك مرحوم والد - قدّس سرّه - در درس فقه آية الله خوئى شركت نكردند . صيت علمى و تضلّع ايشان بر علوم عقليّه و نقليّه به حدّى بود كه مخالف و مؤالف بر مراتب فضل و علمى ايشان معترف بودند ، در درس مرحوم خوئى و شاهرودى و آية الله حاج شيخ حسين حلّى فرد اوّل حوزهء بحث به شمار مىآمدند . در مجالس درس و مباحثههاى حوزه علميّه قم بر همگان تفوّق و ترجيح داشتند و مرحوم علّامه طباطبائى - رضوان الله عليه - استعداد و همّت علمى ايشان را ما فوق تلامذه و حاضرين در مباحث فلسفهء خويش مىدانستند و از ايشان به پاسدار مكتب تشيّع نام مىبردند .
نگرش مرحوم آية الله ميلانى و گلپايگانى به مطالب و سخنان مرحوم علامه طهرانى رحمة الله عليه
مرحوم آية الله سيّد محمّد هادى ميلانى - رحمة الله عليه - نگرشى خاصّ به مطالب و سخنان و نامههاى ايشان داشتند و در زمان انقلاب اسلامى ايران كه همه علماء و بزرگان به جهت ورود ايشان در عرصهء مبارزات سياسى به وسيله نامه و غيره با ايشان در ارتباط بودند ، مىفرمودند :
از ميان تمام نامهها و سخنانى كه از بزرگان به دست و سمعم مىرسد ، تنها نامه آقاى سيّد محمّد حسين را هميشه در جيب مىگذارم و روزى يك بار به آن نگاه مىكنم و تا مدّتها اين نامهها همين طور در جيب من باقى مىماند .