تا اينكه بالاخره پس از گذشت بيش از 70 سال از عمر پر بركت خويش در روز نهم صفر سنهء 1416 هجرى قمرى بر اثر ناراحتى قلبى لباس كهنهء تن را خلع و به خلعت تجرّد و غفران مخلَّع گرديد ، و در جوار مرقد مولايش علىّ بن موسى الرّضا عليهما السّلام به خاك سپرده شد .
آرى علّامهء طهرانى رفت و همه ارزشها و ملكات رحمانى و خصائص ملكوتىاش را با خود برد و چيزى باقى نگذاشت ، و همانطور كه راجع به استادش حضرت حدّاد فرمود :
حدّاد رفت و ما بايد شمع بدست بگيريم و دنبال او بگرديم .
اينك با فراق اين رادمرد الهى و مجسّمهء صدق و بهاء و عظمت و خورشيد درخشان هدايت در تاريكى شب و ظلمت جهل از خداوند مسألت مىنمائيم ما را از لطف و عنايت خويش محروم نسازد و فرامين و برنامههاى سلوكى آن رجل الهى را فراسوى حركت ما بسوى عالم قدس قرار دهد و ما را موفّق به اقتداء و اهتداء به آن منبع نور و سرچشمهء آب حيات بگرداند .
تدفين مرحوم علّامه در پائين پاى امام علىّ بن موسى الرّضا عليهالسّلام
علّامهء طهرانى طبق وصيّتى كه فرمود ايشان را در صحن مبارك حضرت علىّ بن موسى الرّضا عليهما السّلام پائين پاى حضرت در ضلع جنوب غربى و مدخل ورود زوّار دفن نمودند ؛ رحمة الله عليه رحمة واسعة .
اى برتر از خيال و قياس و گمان و وهم * و ز هر چه گفتهاند و شنيديم و خواندهايم
مجلس تمام گشت و به آخر رسيد عمر * ما همچنان در اوّل وصف تو ماندهايم
ولى روزى مىرسد كه برقع از چهرهء تابناك اين رادمرد ميدان توحيد و عرصهء عرفان حقّ برافكنده خواهد شد ؛ و ثمرات حيات اين رجل الهى در جلوههاى درخشندهء تأليفات بطور عموم ، و تربيت شاگردان فرزانهء خود بطور خصوص آشكار خواهد گشت .