در بخش آغارين اين جلد به علت اصلى اشتباهِ برخى محققين در تحريف قرآن پرداختند و پس از اين به نقد و بررسى چند بحث مىپردازند . مباحثى از قبيل رواياتى متناقض پيرامون « بسم اللّه الرحمن الرحيم » ، كه آيا جزء سوره محسوب مىشود يا خير ؟ روايات متناقض در باره جمعآورى قرآن كه آيا در زمان رسول خدا صلى الله عليه و آله يا ابوبكر ، عمر و يا عثمان صورت گرفته ؟ رواياتى پيرامون زياده و نقصان در قرآن كريم ، و در فصلهاى پايانى به بحث اختلاف قرائتها در قرآن و ناسخ و منسوخ مىپردازد .
در جلد سوّم حضرت استاد به نقد و بررسى دو كتاب فصل الخطاب فى تحريف كتاب رب الارباب ، تأليف محدّث نورى ، و الشيعة و القرآن ، تأليف احسان الهى ظهير ، پرداخته است .
حضرت استاد ، 1062 روايتى را كه محدّث نورى در تحريف قرآن آورده ، مورد بررسى و نقد قرار داده و به علل پذيرش برخى روايات تحريف قرآن از سوى محدّث نورى ، اشاره كردهاند .
5 . عقايد الاسلام من القرآن الكريم ( در دو جلد )
حضرت استاد در مقدّمه كتاب مىفرمايند :
از آنجا كه ديدم مكاتب گوناگون بشرى با قرآن كريم مخالفت دارند و قانونگذاران نظام اجتماعى ، قوانين جامعه را بر اساس چنين ديدگاهى در ستيز با احكام قرآنى بنا مىنهند و اين بنيانِ بىريشه ، نسل به نسل مورد اعتماد و استناد و دستمايه آيندگان مىگردد ، به تدوين مباحث اين كتاب همت گماشتم .
ايشان در جلد اوّل كتاب به مباحثى چون مباحث الوهيت ، ربوبيّت و انواع مخلوقات و دين و . . . پرداختند و در جلد دوم تاريخ انبياء را بيان نمودند .
6 . معالم المدرستين ( در سه جلد )
حضرت استاد در باره اين كتاب فرمودند :