ثمّ انتقل إلى خلفآباد ( التي عمرها فسميت باسمه ) فتوطّنها .
وواصل التأليف والتصنيف حتّى بلغ مجموع ما ألّفه في أيام حياته نحو عشرين كتابا ورسالة ، منها : برهان الشيعة في إثبات إمامة أمير المؤمنين عليه السّلام بالبراهين العقلية والنقلية ، خير الكلام في المنطق والكلام وإثبات إمامة كلّ إمام ، الحقّ المبين في معرفة العلم وفي المنطق والكلام وغير ذلك ، سبيل الرشاد في الصرف والنحو والأصول والفروع من العبادات ، سفينة النجاة في فضائل الأئمّة الهداة ، المودة في القربى في فضائل فاطمة الزهراء عليها السّلام وأئمّة الهدى عليهم السّلام والاحتجاج على من لم يقل بإمامتهم كالزيدية والكيسانية والواقفية ، الحجة البالغة في إثبات خلافة علي عليه السّلام بالنصوص القرآنية والأخبار النبوية الواردة عن طريق الفريقين ، مظهر الغرائب في شرح دعاء الإمام الحسين عليه السّلام في يوم عرفة ، ديوان شعر عربي ، وديوان شعر فارسي .
توفّي ليلة الأربعاء من شهر رجب سنة سبعين وألف ، حكي ذلك عن « إيجاز المقال في معرفة الرجال » لفرج اللّه بن محمد الحويزي ( حيا 1103 ه ) .
قال العلّامة الطهراني : ولعلّ قول السيد شهاب الدين أحمد بن ناصر بن معتوق الموسوي ( الذي رثى المترجم بقصيدة ) أصرح في موته سنة ( 1074 ه ) .
ومن شعر السيد خلف ، قوله في الإمام علي عليه السّلام :
أبا حسن يا حمى المستجير * إذا الخطب وافى علينا وجارا
لأنت أبرّ الورى ذمّة * وأكبر قدرا وأمنع جارا
فلا فخر للمرء ما لم يمتّ * إليك انتسابا فينمي النّجارا