بههرحال مدت اقامت ايشان در حوزهء علمى نجف اشرف كه از پربارترين دورهء زندگى اين عالم فرزانه به شمار مىرود و دقيقا در همين دوره شخصيت علمى و معنوى وى نيز شكل گرفته و تلاش او به بار نشسته و روح تشنهاش سيراب گرديد و به قلّه رفيع اجتهاد دستيافت ، به پايان رسيد و او با كولهبارى از علم و تجربه و معنويت و پس از دورى طولانى از وطن ، راهى بابل شده و در اميركلا ساكن گشتند و به ارشاد مردم و ترويج شريعت مقدس نبوى پرداختند و همواره با هوشيارى و تحمل مشقّات و مرارتها ، مردم منطقه را در امور دينى و اجتماعى رهبرى مىكردند و از اين طريق قلوب زيادى را بهسوى خود جذب كرده و ضمن پرداختن به امور علمى و اشتغال به تدريس ، سرآمد رجال علمى منطقه گرديدند .
هجرتى ديگر
معظمله پس از چند سال اقامت در وطن ، يكبار ديگر دست به هجرت زده و در سال 1348 قمرى عازم شهر مقدس قم گرديد و با بهرهگيرى از ذخاير سرشار علمى خود ، به تدريس دروس عالى در فقه و اصول و همچنين تفسير قرآن و فلسفه و علوم معقول پرداختند .
مدت چندانى از اقامت آن مجتهد عالىمقدار در قم نگذشت ، كه طلاقت لسان و جذابيّت بيان و همچنين ورزيدگى و بهرهمندى از قدرت ممتاز علمىاش ، باعث شد تا مورد توجه علما و فضلا و طلاب قرار گرفته و شاگردان فراوانى در محفل علمى او گرد آمده و پروانهوار به دور شمع وجودش حلقه زنند و از درياى موّاج علم و معرفت او سيراب گردند و از مدرسين حوزهء علميه قم به حساب آيند .
نكتهء برجستهء آن استاد فرزانه جديّت و خستگىناپذيرى وى در امر تدريس و همت بلندشان در راه تربيت شاگردانى وارسته و ممتاز بوده است . بهطورىكه طبق نقل بعضى از تلامذهء معظمله كه در حكمت و علوم معقول افتخار شاگرديشان را داشتند ، مرحوم اميركلائى شاگردان را از مباحث مختلف بهرهمند مىساختند .