توقف در نجف و تكميل علوم و اخلاق در سال 1337 ق به قم رفت و در محلهء باغپنبه سكونت اختيار كرد . در سال 1340 ق آيتاللّه حاج شيخ عبد الكريم حائرى يزدى را تشويق به بنيانگذارى حوزهء علميه در قم مىكند .
مجاهدتهاى بافقى
بافقى در دورانى كه سراسر مملكت را خفقان گرفته بود ، با نوشتن نامههاى تند و صريح به رضا خان ، او را از اعمال زشت و منكر بر حذر مىداشت ، او كوچكترين تعارفات معمول را در نامهها رعايت نمىكرد و هميشه آغاز نامهاش چنين بود : از آخوند بافقى به فلان . . .
از طرف دولت اعلاميهاى در قم منتشر و به ديوارها چسبانده شد كه در آن « امر به معروف » قدغن گرديده بود . انتشار اين اعلاميه عكس العمل شديد علما و مردم را در پى داشت . شيخ محمّد تقى به محض مطلع شدن از مضمون اطلاعيهء دولت ، همهء كسبه و اهالى شهر را دعوت به تجمع مىكند ، پس از اجتماع مردم در صحن مطهر حضرت معصومه عليها السّلام ، با تلاوت آيهء
وَ لْتَكُنْ مِنْكُمْ أُمَّةٌ يَدْعُونَ إِلَى الْخَيْرِ وَ يَأْمُرُونَ بِالْمَعْرُوفِ وَ يَنْهَوْنَ عَنِ الْمُنْكَرِ
و بيان اهميت حياتى امر به معروف و نهى از منكر ، و اينكه اجراى آن بر هر فردى به خصوص بر علما و طلاب واجب است و هيچكس حق ندارد از اجراى آن جلوگيرى كند ، دولت وقت را يك دولت جابر و ظالم و جاهل خواند و حكومت رضا شاه را حكومت « فراعنه » ناميد . پس از انجام اين سخنرانى ، دولت عقبنشينى كرد و دستور جمعآورى اعلاميه را داد .
امر به معروف
ماه مبارك رمضان سال 1346 ق برابر با نوروز سال 1306 ش بود . زوار بسيارى به زيارت حضرت معصومه عليها السّلام رفته بودند تا هنگام تحويل سال در كنار آن مرقد مطهر باشند . اعضاى خانوادهء رضا شاه هم آمده بودند و بدون حجاب كامل در حرم