در غياب رشديّه ، آقا شيخ هادى سرپرستى مدرسه را به عهده گرفت و مقررى شاگردان آن را مرتب پرداخت . با بازگشت رشديّه از حج ، مجددا تحريكات سياسى طرفداران اتابك عليه او شروع شد و او مجبور شد به خاطر اينكه به جرم پخش شبنامه دستگير نشود ، به قم برود و بست بنشيند . پس از چند ماه مظفر الدّين شاه تلگرافى از او خواست تا به تهران باز گردد و به امور مدرسه رسيدگى كند . رشديّه به تهران آمد و مجددا به فعاليت سياسى و نوشتن شبنامه و اعلاميه عليه اتابك پرداخت ، تا اينكه اينبار هم مورد غضب صدر اعظم واقع شد و وى تصميم به تبعيد رشديه گرفت ؛ اما او پيشدستى كرد و با توجه به نزديك شدن جشن پايان سال تحصيلى مدرسه ، عريضهاى به اين مضمون به شاه نوشت :
نامهء رشديه به مظفر الدّين شاه
« آستان فلك پاسبان خدايگان ايران و پناه ايرانيان ، اعليحضرت قدر قدرت همايون شاهنشاهى !
به شرف عرض آستان مبارك مىرساند ، مدرسهء رشديّه كه از مآثر ميمنت اشتمال همايون شاهنشاهى ( ارواحنا فداه ) و در تحت توجهات عظماى پادشاهى تربيتگاه يك عده ايتام است ، امتحانات ساليانهء خود را به پايان رسانده جوائزى هم جهت شاگردان معين كرده است . چون خاطر خطير ملوكانه همواره به رضايت فقيران و دلجويى يتيمان متعلق است ، آرزوى همهء خدمتگزاران چنانست كه جوائز مستقيما به دست مبارك آن پدر تاجدار « ارواحنا فداه » اعطا گردد ؛ ولى هنوز ايرانى را پاى تمنا بدان پايه نرسيده است كه از استان قدس شاهنشاهى ، چنين استدعايى كند . با عرض آستان بوسى ، استدعاى آن دارد كه امر مطاع متبع به جناب اشرف صدر اعظم صدور يابد كه از جانب سنى الجوانب اعليحضرت همايون شاهنشاهى ، به مدرسه تشريف آورده در يتيمنوازى بئس البدل ذات شاهانه قرار گيرند » .
شاه ، نامه را خواند و در حاشيهء آن چنين نوشت :