وفي عام 1941 أنجز عملا فنيا رائعا بإعادة عرض آثار المتحف العراقي مستخدما منهج التسلسل التاريخي في عرضها . وترأس هيئات تنقيبية عديدة نقبت في مدينة واسط الإسلامية التي بناها الحجاج بن يوسف الثقفي ، وفي موقع تل الدير بالقرب من اليوسفية عام 1941 ، وفي موضع عقرقوف ( واسمها في التاريخ القديم دور كوري كالزونين ) سنة 1941 - 1947 ، وفي تل حرمل ( الواقع في منطقة بغداد الجديدة ) بين سنة 1945 - 1961 ، وفي موقع الضباعي القريب من تل حرمل عام 1960 . وكان مشرفا على التحريات الأثرية في منطقة دوكان ومنطقة شهرزور ( شمال العراق ) طيلة المدة بين 1956 - 1959 ، وذلك بهدف إنقاذ ما بهما من آثار نتيجة لأعمال البناء في مشروعي سد دوكان وسد دربنديخان .
وأسهم في مصلحة الآثار في ليبيا بوظيفة خبير فني عام 1965 ، ثم تسنّم منصب مستشار هذه المصلحة الأثرية الليبية حتى سنة 1970 .
نال طه باقر تكريم قيادة الدولة في العراق عام 1979 خلال انعقاد الندوة العلمية الثانية عن بابل وأشور وحمرين ، وهي ندوة حضرها علماء الآثار والدراسات المسمارية من مختلف الأقطار العربية والأجنبية .
توفي طه باقر ببغداد سنة 1403 ه / 1984 م .
آثاره
1 - مقدمة في تاريخ الحضارات القديمة ، صدر عام 1951 في جزأين ، الأول تناول تاريخ العراق القديم وحضارته منذ أقدم العصور الحجرية حتى نهاية الدولة الكلدية عام 539 ق . م ، أما الجزء الثاني فتناول تاريخ حضارة بلاد وادي النيل وبلاد الشام وجزيرة العرب وبعض البلدان المجاورة ، وأعيد طبع الكتاب عام 1955 . وفي عام 1970 أعاد كتابة هذا الكتاب فجعل الجزء الأول عن العراق بجزأين ظهر الجزء الأول منه الخاص بالتاريخ السياسي للعراق القديم سنة 1973 ، ولم تظهر طبعة الجزء الثاني الخاص بالتاريخ الحضاري للعراق القديم لتدهور صحته ؛ 2 - ملحمة كلكامش ، استعان فيه بمعرفته باللغة الأكدية لترجمة الملحمة من هذه اللغة ، وطبعت ثلاث مرات أولها سنة 1962 وآخرها سنة 1975 ؛ 3 - المرشد إلى مواطن الآثار والحضارة ، بالاشتراك مع الأثري المعروف فؤاد سفر ، من ستة أجزاء ، تناولا في كل جزء منه رحلة بين بغداد وإحدى مدن العراق الأثرية والحضارية ، فالأولى التي بدأت عام 1962 كانت إلى عانه والقائم ونشرت في تلك السنة ، والثانية من بغداد إلى سامراء والحضر وطبعت في عام 1962 ، والثالثة إلى الموصل طبعت عام 1966 ، والرابعة إلى كركوك والسليمانية ونشرت عام 1965 ، والخامسة إلى أربيل ونشرت عام 1966 ، والسادسة إلى حلبجة ونشرت عام 1966 ؛ 4 - مقدمة في أدب العراق القديم ، ويحتوي على ترجمات لبعض الملاحم والأساطير في بلاد وادي الرافدين . طبع عام 1976 ؛ 5 - موجز في تاريخ العلوم والمعارف في الحضارات القديمة والحضارة العربية الإسلامية ، صدر عام 1980 ، تضمن علوم الرياضيات والطب ، والفلك ، ويتألف من جزأين : الأول عن حضارة بلاد وادي