سال 1311 قمرى با دختر حاج ميرزا محسن خان مظفر الملك ازدواج كرد و تشكيل خانواده داد .
حاج سيد يحيى رفتهرفته با افكار آزادىخواهى آشنا ، و وارد جرگهء آزادىخواهان شد . با حوزهء مبارزاتى استانبول كه رياست آن را سيد جمال الدّين اسدآبادى عهدهدار بود رابطه برقرار كرد و با ميرزا آقا خان كرمانى هم كه آنوقت در استانبول بود ، رابطه داشت . پس از دستگيرى حاج سياح محلّاتى ، ميرزا عبد اللّه طبيب خراسانى و ميرزا رضا كرمانى ، موقعيت او هم به خطر افتاد و به ناچار تا حدودى در روابط و مسايل امنيتى خود تجديدنظر كرد . پس از كشته شدن ناصر الدّين شاه به دست ميرزا رضا كرمانى ، در بين عوام چنين شايع شد كه ميرزا رضا بابى است . حاج ميرزا يحيى در اين رابطه شعرى از زبان ميرزا رضا سرود و منتشر كرد كه در حقيقت تكذيب اين اتهام است . مضمون آن شعر كه بين مردم شهرت تام يافت ، چنين است :
محب آل محمّد ، غلام هشت و چهار * فداى مردم ايران رضاى شاه شكار
پس از قتل ناصر الدّين شاه و بروز افكار آزادىطلبى و وطنخواهى ، او نيز جذب اين افكار شد و با فعاليت علنى در معارف ، كار خود را آغاز كرد . جزو اوّلين اعضاى انجمن معارف ايران شد كه به رياست احتشام السلطنه به منظور تقويت و ايجاد مدارس به سبك نوين ايجاد شده بود . خود نيز مدرسههاى سادات ، كماليه و ادب را بنيان نهاد . فعاليتهاى حاج سيد يحيى دولتآبادى در معارف كشور ، ستودنى و شگرف است . با تلاش خستگىناپذيرى كمكهاى شايانى به رشد و توسعهء مدارس جديد كرد و براى اين مدارس كتابهايى براى تدريس ، نگاشت .
از آغاز زمزمههاى مشروطهخواهى ، همواره در كنار مشروطهطلبان بود . هنگامى كه روحانيون در حرم حضرت عبد العظيم ، تحصن كرده و عدالتخانه مىخواستند ؛ او با سفير عثمانى در تهران شمس الدّين بيك ، كه از دوستانش بود ملاقات كرد و از سفير خواست كه واسطهء صلح بين دولتيان و متحصنين گردد . و سفير هم اين كار را به خوبى و به نفع متحصنين به پايان رساند . در كشاكش مشروطه به عضويت انجمن غيبى تهران پيوست و در اين انجمن به فعاليت مخفى پرداخت .