آيتاللّه سيد يونس اردبيلى در مدت حبس و بازجوئى از خود جسارت و شهامت بسيارى نشان داد ، بهطورىكه « آيتاللّه سيد عبد اللّه شيرازى » كه خود از دستگيرشدگان واقعهء مسجد گوهرشاد و طى دوران بازداشت در كنار آيتاللّه اردبيلى بود در خاطرات خود دربارهء وقايع زندان مىگويد : « يك روز كه ما را مىبردند چند نفر بوديم . رئيس تأمينات گفت بنا بود امر از دربار بيايد و آقايان آزاد شوند ، لكن اين رئيس نظميه كه تازه رفته مشهد يك راپرتهاى تازهاى داده لذا در آزادى تأخير افتاده . تا اين را گفت ، آقاى سيد يونس كلهاش را تكان تندى داد و گفت چه گفتى ؟ راپرت تازه آمده ؟ راپرت تازه آمده ؟ مگر ما چه را انكار كرديم ؟ گفتيد تلگراف كرديد گفتيم كرديم ، گفتيد چند دفعه رفتيد بازهم جواب داديم ، ما از حبس نمىترسيم يك سال باشد و دو سال باشد هر چقدر باشد ، نه از شاه مىترسيم نه از كس ديگرى ، خيال كرديد چه ؟ حبس علما يك يا دو روز است ، چه فرض كرديد ؟ فلان كس آيتاللّه شيراز است و فلان كس آيتاللّه كجا و كجا و . . . ما از حبس نمىترسيم ، لكن ترتيب اين است . خودم الآن دويست نفر عمال زكوات دارم در اطراف اردبيل . . . » .
آيتاللّه اردبيلى پس از دستگيرى ، مدتى در تهران بود و سپس به اردبيل فرستاده شد و در سال 1361 قمرى مجددا به مشهد مهاجرت كرده و حوزهء درسى در آن شهر مذهبى تشكيل داد و به تعليم و تربيت طلاب علوم دينى پرداخت . در سال 1368 قمرى به زيارت كعبه و در سال 1376 قمرى به كربلا رفت .
آيتاللّه اردبيلى قصد داشت در پايان عمر در نجف اقامت نمايد ولى اجل مهلتش نداد ، پس از چندى اقامت در نجف به بستر بيمارى افتاد و براى رفع كسالت عازم تهران شد و در اين شهر در 21 ذىالقعده 1377 درگذشت . جنازهء ايشان به شهر مشهد حمل و در آنجا به خاك سپرده شد .
برخى از تأليفات ايشان در فقه و اصول عبارت است از :
1 - رسالهء عمليه بنام « وجيزه » .
2 - القاصر فى صلاة المسافر .
م : 1 - تاريخ دانشمندان اردبيل .
2 - واحد ، سينا . قيام گوهرشاد .
3 - مكّى ، حسين . تاريخ بيست سالهء ايران ، ج / 6 .
4 - مجلهء سروش ، سال دوّم شماره 90 .
زندگينامه رجال و مشاهير ايران ( فارسي ) — صفحة 129
مساهمون: حسن مرسلوند
ص١٢٩