وأهمّ ما كان يواجه المأمون ما يلي :
1 - تحرك الشيعة ضده وكان تحركا عنيفا ، وكانت ثورة أبي السرايا التي عمّت الكثير من الحواضر الاسلامية آنذاك نموذجا له .
2 - تكتل العائلة العباسية ضد المأمون ووقوفها إلى جانب الأمين أولا ، ثم عزلها له وتعيين عمه إبراهيم بن المهدي بعد ذلك .
3 - تحركات الخوارج والفئات المناوئة الأخرى .
4 - وجود المخاطر الخارجية من جانب الدول المتربصة بالدولة الاسلامية ، خصوصا الدولة البيزنطية .
وأمام هذه التحديات قام المأمون بما يلي :
أولا - تصفيته لتحرك أخيه الأمين والقوى المتحركة القوية ضده .
ثانيا - القيام بلعبة تولية الإمام الرضا ( عليه السّلام ) لولاية العهد بالإكراه ليصوّر للأمة انه مع القيادة الشرعية وانه نقل الحكم إليها وهذا من شأنه أن يقلل من الروح الثورية للأمة باتجاه إقامة الحكم بقيادة أهل البيت ( عليهم السّلام ) .
ثالثا - محاربة وتصفية ثورات العلويين .
رابعا - التصفية الجسدية للإمام الرضا ( عليه السّلام ) بعد انتهائه من تصفية الثورات الخطيرة .
خامسا - التوجّه إلى بغداد للقضاء على معارضة البيت العباسي .
سادسا - تصفية مراكز القوى في الدولة باتجاه تعزيز قوته ووضعه .
سابعا - إشاعة فتنة خلق القرآن لإشغال الناس بها عمّا يهمّهم .
ثامنا - تصفية قوى المعارضة من قبيل الخوارج .
تاسعا - التوجه لمحاربة الدولة البيزنطية ودفع خطرها .