منها دعائه عليه السّلام عند النوم : قال المجلسيّ في السادس عشر من البحار في باب القراءة والدعاء عند النوم والانتباه أنّ أحمد بن خانبة عرض كتابه على أبي الحسن عليّ بن محمّد صاحب العسكر عليه السّلام فوقف عليه وقال : صحيح فاعملوا به ، وقال :
إذا انتبهت من منامك وتقلّبت على الفراش ، فقل : « لا إله إلّا اللّه الحيّ القيّوم وهو على كلّ شيء قدير ، سبحان اللّه ربّ العالمين وآله المرسلين ، وسبحان اللّه ربّ السماوات السبع وما فيهنّ وربّ الأرضين السبع وما فيهنّ وربّ العرش العظيم ، وسلام على المرسلين والحمد للّه ربّ العالمين » .
منها دعائه عليه السّلام في قضاء الحاجة المهمّة :
قال السيّد الأجلّ عليّ بن طاوس في جمال الأسبوع : روى يعقوب بن يزيد الكاتب الأنباريّ عن أبي الحسن الثالث عليه السّلام قال : إذا كانت لك حاجة مهمّة فصم يوم الأربعاء والخميس والجمعة واغتسل يوم الجمعة في أوّل النهار وتصدّق على مسكين بما أمكن ، واجلس في موضع لا يكون بينك وبين السماء سقف ولا ستر من صحن دار أو غيرها ، تجلس تحت السماء وتصلّي أربع ركعات تقرأ في الأولى الحمد ويس ، وفي الثانية الحمد وحاميم دخان ، وفي الثالثة الحمد وإذا وقعت الواقعة ، وفي الرابعة الحمد وتبارك الذي بيده الملك فإن لم تحسنها فاقرأ الحمد ونسبة الرب وهو قل هو اللّه أحد ، فإذا فرغت بسطت راحتيك إلى السماء وتقول :
« اللهمّ لك الحمد حمدا يكون أحقّ الحمد بك وأرضى الحمد لك وأوجب الحمد لك وأحبّ الحمد إليك ، ولك الحمد كما أنت أهله وكما رضيته لنفسك وكما حمدك من رضيت حمده من جميع خلقك ، ولك الحمد كما حمدك به جميع أنبيائك ورسلك وملائكتك وكما ينبغي لعزّك وكبريائك وعظمتك ، ولك الحمد حمدا يكلّ الألسن عن صفته ويقف القول عن منتهاه ، ولك الحمد حمدا لا