نيز هنگامى كه خبر دستگيرى و شايعه محاكمه حضرت امام خمينى ( ره ) به گوش ايشان رسيد . شديدا برآشفته و بدون فوت وقت همراه با عدهاى از اساتيد و علماى حوزه همچون حضرات آيات : شيخ احمد انصارى قمى ، شيخ مجتبى لنكرانى ، شيخ صدرا بادكوبهاى ، شيخ مرتضى آل ياسين و سيد محمّد باقر صدر به بيت مرحوم آيت اللّه شاهرودى شتافته و همراه ايشان به سوى منزل آيت اللّه حكيم در كوفه رفتند ، و پس از شور و مشورت بسيار ، كه تا نيمههاى شب به درازا كشيد در اولين ساعات بامداد هريك جداگانه تلگراف شديد اللحنى به ايران مخابره نموده و از ساحت رفيع مرجعيت حضرت امام خمينى حمايت كردند . و هنگامى كه وسيله مرحوم آيت اللّه حاج آقا مصطفى خمينى خبر آمدن حضرت امام به عراق به گوش مرجع فقيد رسيد ، بدون لحظهاى درنگ بسيارى از علما و فضلاى حوزه نجف ، از جمله حضرات آقايان : شيخ مجتبى لنكرانى ، شيخ صدرا بادكوبهاى و فرزندش سيد جمال الدين خويى و دامادش سيد جلال الدين فقيه ايمانى را همراه گروهى از طلاب كه بالغ بر ده دستگاه اتوبوس مىشدند به استقبال ايشان فرستادند . روز اول پس از پايان درس به ديدار امام شتافته و روز دوم نيز به ملاقات ايشان آمدند و در پاسخ افرادى كه از انگيزه اين كار پرسش نمودند ، فرمود :
« ايشان با ديگران تفاوت مىكند و لذا ديدن او هم با ديگران بايد فرق داشته باشد » .
و به هنگام بازديد امام از آيت اللّه فقيد هم مجلس باشكوه و مفصلى ترتيب يافته و اطعام گستردهاى صورت گرفت .
مخالفت با اسرائيل
آيت اللّه فقيد از تسلط مزدوران بيگانه و افراد نامسلمان و وطنفروشان بهايى و يهودى بر مقدرات مملكت و برقرارى ارتباط با اسرائيل بسيار نگران و بيمناك بوده