و استنساخ و جمع كتب مشغول بود .
و بالاخره ، در سال 1265 وفات يافته و در مقبرهئى كه مقابل مقبره مرحوم حاج سيد محمد باقر حجة الاسلام شفتى واقع است دفن شد .
و او پنج پسر و دو دختر داشته كه نخستين فرزند ذكور و ارشدش آقا عبد الحسين امين العلماء از اجلهء فضلا و محترمين اصفهان بوده و تحصيلاتش در نزد پدر و مرحوم سيد حجة الاسلام شفتى و حاج محمد ابراهيم كرباسى و جمعى از علماء عراق عرب بوده و در سال 1293 وفات يافته و در جوار پدر خود دفن گرديد ، و از او سه پسر و چهار دختر بجاى ماند كه فرزند نخستين او مرحوم آقا ميرزا محمد جعفر نيز از فضلا و اعيان زمان بوده و در نزد مرحومين ميرزا ابو المعالى كرباسى و حاج سيد اسد اللّه بيدآبادى درس خوانده ، و در شب جمعه 22 ماه رجب 1328 وفات يافته و در مقبره خانوادگى خود واقع در جنوب تكيه آقا حسين خونسارى مدفون گرديد ، و از او يك پسر بنام آقا ميرزا عبد الحسين خوئى و دو دختر بجاى ماند .
اين ميرزا عبد الحسين نيز بسان پدران خود اهل فضل و كمال و حل و عقد امور مردم بوده و در سحر شب جمعه 23 ماه رمضان 1367 وفات يافته و در مقبره خانوادگى دفن شد ، و چهار فرزند دختر و پسر بجاى نهاد و فرزند چهارم او آقاى ميرزا فضل اللّه خان اعتمادى خوئى از شعراء بنام اصفهان است كه در صدر اين عنوان مذكور و غالب اشعارش در كتب و مجلات بطبع رسيده و در سرودن مراثى علما و دانشمندان و گفتن ماده تاريخهاى مناسب داراى يدى طولى و اكنون برنا تخلص دارد .
و ساير فرزندان ذكور مرحوم حاج ملا محمد شفيع صاحب عنوان : 2 - ملا محمد تقى و 3 - ملا محمد حسن و 4 - ملا محمد حسن و 5 - آقا محمد على معروف به آقا على ، همه با جمعى از فرزندان و فرزندزادگانشان ، از جمله آقا ميرزا محمد رضا فرزند امين العلماء و آقا ميرزا محمد شفيع فرزند ملا محمد تقى ( پدر آقايان شفيعزاده ) و ميرزا محمد ابراهيم مشير الاسلام فرزند ملا محمد محسن ؛ همگى صاحبان عزت و احترام و اهل فضل و كمال بودهاند به شرحى كه در « تاريخچه خاندان مرحوم حاج ملا محمد شفيع خوئى » بقلم آقاى اعتمادى مذكور نوشته . م .
مكارم الآثار در احوال رجال دوره قاجار ( فارسى ) — صفحة 1806
مساهمون: ميرزا محمد على ( معلم حبيب آبادى )
ص١٨٠٦