« قصص العلماء » نوشته كه وى دو درس مىگفت . يكى اصول و يكى هم فقه كه از تأليفات خودش بود و پيش از درس در هر روز خطبه مىخواند و بعد از درس دعاء مىكرد و طريقهاش آن بود كه هروقت ناخن مىگرفت آنها را جمع مىكرد و پس از آن مىفرستاد كه در كربلاء دفن كنند انتهى .
مختصر ، وى بعد از دو سال به علت اينكه داود پاشا آن بلدهء مطهره را محاصره نمود چنانكه در « روضات : 155 » نوشته از كربلاء به قصد زيارت حضرت رضا عليه السلام با نهايت ترس و وحشت از فرقه شيخيه كه همى مىخواستند وى را هلاك كنند و دومرتبه بر سر او ريخته و خداوند نجاتش داده بود در حركت آمد . در اين سفر مدتى در كرمانشاه و چندى در طهران و زمانى در استرآباد مكث كرد ، و چون بمشهد رسيد بعزم مجاورت مدتى آنجا ماند ، و ملا عبد الخالق يزدى از وجوه تلامذه و تبعه شيخ احمد احسائى با او بمعارضت برخواست ، تا در سنه 1255 ، كه محمد شاه از جنگ هرات برگشت او را ترغيب بآمدن طهران نمود و وى عهود و مواثيقى از شاه گرفته و باز بطهران آمد و اين دفعه از پادشاه و خواص و عوام اقبالى تمام برايش فراهم شد و مرجعيتى تامه در نماز جماعت و غيره بهم رسانيد ، و بالاخره رئيس دين و دنياى مردم آن شهر گرديد و بلقب شريعتمدار مشهور شد و تا آخر عمر خود در آن شهر بماند ، و كليه مدت اقامت او در طهران بنص « روضات : 155 » قريب به بيست سال رسيد . و بطورىكه هم آنجا نوشته تا او در طهران اقامت داشت امور شريعت را رواجى بغايت بود ، چنان كه هم امور دينى عتبات عاليات در ايام توقف وى در آنجا در غايت انتظام بود و هيبتى از وى در صدور حكام و صدور و أرباب مذاهب فاسده و ملاحده جا گرفته و همه پاس احترام و بزرگى او را مىداشتند .
حاج ملا محمد جعفر در طول مدت عمر خود كتب قيمه و مؤلفات نافعه چندى در فقه و اصول و ساير علوم اسلاميه از كلام و رجال و حديث و تفسير و رياضيات و هيئت و نجوم و فلك و علوم ادب و اخلاق و وعظ و خطابت و ادعيه و زيارت و غير آنها تأليف نموده كه عدد آنها در حدود هفتاد است ، و اينك أسماء هريك به ترتيب حروف اوائل آنها نوشته مىشود :
مكارم الآثار در احوال رجال دوره قاجار ( فارسى ) — صفحة 86
مساهمون: ميرزا محمد على ( معلم حبيب آبادى )
ص٨٦