مسجد و مدرسهاى نيز مرحوم آقاخوند ملا زين العابدين مجتهد اعلى الله مقامه در كمال خوبى و صفا و استحكام در گلپايگان ساختهاند كه از بناهاى اين عهد ابدمهد است .
جامع گنجه :
اين مسجد از بناهاى شاه عباس اول است كه در سال هزار و پانزده بنا نموده و تاريخ آن مطابق است با تاريخ فتح گنجه چنانكه يكى از شعراء گفته : تاريخ فتح گنجه « كليد شماخى » است . معمار اين مسجد شيخ بهائى عليه الرحمه مىباشد و از روى كمال علم و استادى طورى حياط و ديوار مسجد را ساختهاند كه در وقت ظهر سايه بهيك اندازهء معينى از ديوار به زمين مىافتد كه فى الحقيقه از روى همان سايه نصف النهار را تشخيص مىدهند . گويند روسها كه به سبك معمول در اروپا دستهء ساعت خود را از نصف النهار قرار مىدهند به اين مسجد آمده از روى سايهء ديوار ، ساعت خود را كوك مىكنند و اعتمادى كامل به صحت اين فقره دارند .
خلاصه اگر در اين مسئله آخره ترديدى باشد در بانى مسجد هيچ ترديد نيست . زيرا كه خود شيخ بهائى عليه الرحمه تفصيل بناى مسجد را در سنگى مرتسم نموده بعد ظاهرا قراباغيها خراب كردهاند . زيرا كه معين است مسجد و منبر را قشون قراباغى منهدم ساخته و مدتى هم به حالت خرابى باقى بوده تا در سال هزار و دويست و نه در عهد سلطنت شاه شهيد سعيد آقا محمد شاه قاجار طاب الله ثراه جواد خان زياد اوغلى قاجار بيگلربيگى و صاحب اختيار الگاء گنجه و قراباغ مسجد و منبر را مرمت و تعمير نموده است و تاريخ اين مرمت و اسم تعميركننده در منبر اين مسجد كه از چوب و منبت است مرتسم مىباشد . اطراف مسجد مدرسه است به اين معنى كه اصل مسجد مثل مدفن امامزاده در وسط صحن وسيعى در تحت قبهء مرتفع واقع و دور صحن حجرات است كه جاى طلاب و محصلين علوم مىباشد . در مسجد سواى اوقات نماز دائما مقفل است . محراب آئينه - كارى است . فرش مسجد حصير ولى پاك و تميز است . چنارهاى بلند و كهن در اطراف مسجد يعنى ما بين گنبد و محراب ديده مىشود كه در قديم الايام غرس نمودهاند . چهار طرف مدرسه حوض ساختهاند كه آب در آنها جارى است . در ايوان جلو مسجد سنگ مرمرى است كه مقبرهء حسنعلى خان بن كلبعلى خان قاجار بيگلربيگى گنجه و قراباغ است كه