گرچه در تاريخ زندگى كلينى نامى از مبارزهء مستقيم و رودرروى وى با حكّام وقت برده نشده ، اما مبارزهء غير مستقيم او با آنان به مراتب از مبارزهء مستقيم ، كارسازتر و مؤثرتر بود چرا كه آنان در صدد بودند با به شهادت رساندن امامان شيعه و تحت فشارگذاردن پيروان آنها ، ريشهء تشيّع را بركنند اما شيخ كلينى با جمع‌آورى و حفظ و تنظيم آثار ائمّهء اطهار عليهم صلوات الله ، به مبارزه با توطئه آنان برخاست . ثقةالاسلام كلينى در كتاب ارزندهء كافى با استناد به سخن رسول خدا ( ص ) ، ولايت و رهبرى امامان عليهم‌السلام را به ولايت پيامبر ارتباط داده و پذيرش آن را همچون پذيرش رسالت امرى واجب و لازم دانسته است . متن حديثى كه در اين زمينه نقل كرده چنين است : جابر از امام باقر عليه السلام نقل كرده كه وقتى آيهء « يَوْمَ نَدْعُوا كُلِّ اناسٍ بِامامِهِمْ » « 1 » ، نازل شد ، مسلمانان پرسيدند يا رسول‌الله مگر شما امام همهء مردم نيستيد ؟ حضرت فرمود : من پيامبر همه هستم و ليكن بعد از من امامانى از اهل بيتم از طرف خدا امام مردمند و مسؤوليت امامت را برعهده مىگيرند ولى عده‌اى آنان را تكذيب مىكنند . و آنان از طرف رهبران كفر و پيروانشان ، مورد ظلم و ستم قرار مىگيرند . پس هر كس ولايت آنان را بپذيرد و تصديقشان كند او از من و با من است و به زودى مرا ملاقات خواهد كرد . و هر كس به ايشان ظلم كند و تكذيبشان نمايد او از من و با من نيست و من از وى بيزارم . » « 2 » اين عالم بزرگ در نگرشى ديگر رهبران جامعه را به دو گروه تقسيم كرد گروهى كه مردم را به سوى خدا مىخوانند و گروهى كه مردم را به آتش جهنم دعوت مىكنند و در اين زمينه حديثى از امام صادق ( ع ) نقل كرده‌است .