پس از هارون ، فرزندش امين به خلافت رسيد و پنج سال حكومت كرد . وى هر چند از برادرش مأمون كوچك‌تر بود ولى از آنجا كه مادرش زبيده و دايىهايش افرادى سرشناس و متنفّذ در دستگاه خلافت بودند ، از طرف هارون به ولايتعهدى برگزيده شد . امين ، عنصرى زشت‌كردار ، سست رأى و عياش بود . مأمون برادر خود را خوب مىشناخت و مىدانست امين با موقعيتى كه دارد حكومت را پس از خود به وى واگذار نخواهد كرد ؛ از اين رو از همان آغاز به مخالفت با او برخاست و سعى در قبضه كردن قدرت داشت . سفر او به خراسان همراه پدرش در راستاى همين هدف انجام گرفت . « 1 » امين در سال 194 مأمون را از ولايتعهدى خلع كرد و فرزندش موسى را بر اين سمت گماشت ، سپس با لشكركشى به خراسان در سال 195 درصدد نابودى وى برآمد كه با واكنش مأمون مواجه شد . بدين ترتيب كشمكش‌هاى ميان دو برادر حدود سه سال به درازا كشيد و پس از درگيرىهاى زياد سرانجام مأمون به كمك ايرانيان و با تدبير فرماندهان زبده‌اى مانند طاهر بن حسين و هرثمة بن اعين ، بر امين چيره شد و با كشتن وى در سال 198 هجرى خلافت را قبضه كرد و به جاى بغداد ، مرو را مركز حكومت خود قرار داد . « 2 » تاريخ پنج سالهء حكومت امين از بيان اقدامات و موضع‌گيرىهاى وى نسبت به امام رضا عليه السلام و همچنين تلاش‌هاى آن حضرت يا واكنش‌هاى وى ساكت است . امام عليه السلام از فرصت پيش آمده بيشترين بهره را برد و به نشر و گسترش معارف اسلامى در سطح جامعه و تحكيم پايگاه‌هاى مردمى پرداخت .