آخر عمره الشّريف من أصفهان بمرافقة السلطان شاه صفىّ إلى زيارة العتبات العاليات فمات هناك ودفن في النجف الأشرف . وقال صاحب الحدائق : كان متعبّدا في الغاية ، مكثارا لتلاوة كتاب اللّه المجيد بحيث ذكر لي بعض الثّقات انّه كان يقرأ كل ليلة خمسة عشر جزءا من اجزاء القرآن ، وكان مقرّبا عند السلطان شاه عباس الصفوىّ الماضي كثيرا ، وكذلك بعده عند خليفته الشّاه صفى » .
للسيّد الدّاماد قدّس سرّه في أول الجذوات :
عينان عينان لم يكتبهما قلم * في كلّ عين من العينين عينان
نونان نونان لم يكتبهما رقم * في كلّ نون من النّونين نونان
قيل : العينان عين الابداع وعين الاختراع . والقلم قلم العقل الفعّال وفي عين الابداع عالم العقل وعالم النّفس . وفي عين الاختراع عالم الموادّ وعالم الصّور . والنّونان نون التكوين ونون التدوين وفي نون التكوين الامكان الذاتىّ والامكان الاستعدادي وفي نون التدوين أحكام الدّين وقوانين الشّرع المبين . كذا في المقامع . وقد قيل في وفات هذا السّيّد الجليل الزاهد الفاضل النحرير :
« عروس علم دين را مرده داماد »
توفّى سنة أربعين والف في النّجف الأشرف على مشرفها آلاف السّلام ، قيل توفى سنة احدى وأربعين والف .
در ضبط نسخه بدلها اين نسخه با نشانهء « ط » مشخّص گرديده است .
3 - نسخهء متعلّق به مجلس شوراى ملى بشماره / 62601 / 3112 . در ورق أول اين كتاب چنين آمده : « خط حكيم شفائي أصفهاني مشهور در اين كتاب ديده مىشود » .
« اين كتاب در عصر مصنّف تحرير شده است همچنين بعضي از حواشي آن » در ورق