پس از هجرت ميرزاى شيرازى به سامرا ، در يكى از مسافرتهاى ميرزا كه همراه شاگردانش ، پياده از سامرا به آستانه سيد محمد مشرف گشتند ، تعميراتى انجام دادند و چند حجره به حجرات صحن ، افزودند . سپس ميرزا محمد تهرانى عسكرى ، صحن شريف را توسعه داد و حجراتى بدان اضافه نمود . در عصر مرجعيت حاج آقا حسين قمى ، جمعى از مردم ايران ، اموال زيادى را براى تعمير آستانه سيد محمد ، ارسال داشتند .
اين آستانه ، بين سالهاى 1380 تا 1384 ه - . ق ، به شكل باشكوهى ، تكميل شد . عمارت جديد ، داراى صحن مربع شكل به ضلع 150 متر است و وسط صحن شريف ، حرم مطهر واقع است كه گنبد كاشىكارى آن ، نظر هر بيننده را به خود جلب مىدارد . محيط گنبد ، حدود پنجاه متر و ارتفاع آن ، 45 متر است و كنار آن ، منارهاى به ارتفاع چهل متر ، در سال 1379 ه - . ق ، برافراشتهاند . مقابل حرم نيز يك ايوان مسقف ، با ستونهاى باشكوه ، خودنمايى مىكند . حرم مطهر با كاشىكارى و آينهكارى هنرمندان ايرانى ، تزيين شده و نشانهاى از هنر اسلامى را به نمايش مىگذارد . قبر مطهر ، وسط حرم واقع است و روى آن ، صندوق نفيس و ضريح نقره ، نصب است . « 1 »
كتيبه اى بدين صورت ، بر ضريح شريفش نوشته شده است :
هذا مرقد السيد الجليل ابي جعفر محمد بن الامام ابي الحسن علي الهادي ( ع ) عظيم الشأن جليلالقدر كانت الشيعه تزعم انه الامام بعد ابيه ( ع ) فلماتوفى نص ابوه على اخيه ابي محمد الزكي وقال له احدث
هامش
( 1 ) . دايره المعارف تشيع ، ج 3 ، ص 124 .