وكان في هذا المسجد محرابان متقابلان : شمالي وجنوبي واحد باتّجاه بيت المقدس وآخر باتّجاه الكعبة ، لكن وللأسف لم يبق سوى محراب واحد إثر توسيع المسجد في السنوات الأخيرة ، وبذلك تكون قد مُحيت آثار ذلك الحدث العظيم .
ويُستحبّ الصلاة في هذا المسجد ركعتي تحيّة المسجد ، ومن الأفضل قراءة الدعاء التالي بعد ذلك :
اللَّهُمَّ إِنَّ هذا مَسْجِدُ الْقِبْلَتَيْنِ ، وَمُصَلّى نَبِيّنا وَحَبِيبِنا وَسَيّدِنا مُحَمَّدٍ صَلَّى اللَّهُ عَلَيْهِ وَآلِهِ وَسَلَّمَ ، اللَّهُمَّ إِنَّكَ قُلْتَ وَقَوْلُكَ الْحَقُّ فِي كِتابِكَ الْمُنْزَلِ عَلى صَدْرِ نَبِيِّكَ الْمُرْسَلِ :
« قَدْ نَرى تَقَلُّبَ وَجْهِكَ فِي السَّماءِ فَلَنُوَلِّيَنَّكَ قِبْلَةً تَرْضاها فَوَلِّ وَجْهَكَ شَطْرَ الْمَسْجِدِ الْحَرامِ »
، اللَّهُمَّ كَما بَلَّغْتَنا فِي الدُّنْيا زِيارَتَهُ وَمَآثِرَهُ الشَّرِيفَةَ ، فَلا تُحْرِمْنا يا اللَّهُ فِي الْآخِرَةِ مِنْ فَضْلِ شَفاعَةِ مُحَمَّدٍ